Điểm mới quy định kiểm tra thuế tại trụ sở người nộp thuế tại Thông tư 89/2026/TT-BTC

Kiểm tra thuế tại trụ sở người nộp thuế có nhiều điểm mới từ ngày 01/7/2026. Các quy định mới tập trung vào quản lý rủi ro và ứng dụng công nghệ. Cơ quan thuế được ưu tiên kiểm tra trực tuyến, từ xa trên dữ liệu điện tử. Đồng thời, Thông tư 89/2026/TT-BTC bổ sung nhiều quy định để hạn chế kiểm tra trùng lặp và xử lý các tình huống phát sinh trong quá trình kiểm tra.

I. Thông tư 89/2026/TT-BTC quy định kiểm tra thuế tại trụ sở người nộp thuế

1.1. Thông tư 89/2026/TT-BTC có hiệu lực từ khi nào?

Ngày 30/6/2026, Bộ Tài chính ban hành Thông tư 89/2026/TT-BTC. Thông tư hướng dẫn một số nội dung của Luật Quản lý thuế 2025 và Nghị định 252/2026/NĐ-CP. Thông tư 89/2026/TT-BTC có hiệu lực từ ngày 01/7/2026. Văn bản này thay đổi nhiều nội dung về quản lý, kiểm tra và xử lý hồ sơ thuế. Trong đó, Điều 88 Thông tư 89/2026/TT-BTC quy định về kiểm tra tại trụ sở người nộp thuế. Đây là nội dung doanh nghiệp và kế toán cần đặc biệt lưu ý.

1.2. Kiểm tra tại trụ sở người nộp thuế nhằm mục đích gì?

Kiểm tra thuế nhằm đánh giá việc kê khai và thực hiện nghĩa vụ thuế. Cơ quan thuế sẽ xem xét tính đầy đủ, chính xác và trung thực của hồ sơ. Việc kiểm tra cũng giúp phát hiện các trường hợp kê khai thiếu hoặc sai. Qua đó, cơ quan thuế có cơ sở xác định lại nghĩa vụ thuế nếu cần thiết. Tuy nhiên, việc kiểm tra phải tuân thủ nguyên tắc quản lý rủi ro. Hoạt động kiểm tra cũng không được cản trở hoạt động bình thường của người nộp thuế.

II. 05 điểm mới về kiểm tra thuế tại trụ sở người nộp thuế

2.1. Bổ sung nguyên tắc kiểm tra theo Luật Quản lý thuế 2025

Một điểm mới quan trọng là nguyên tắc kiểm tra được thực hiện theo Luật Quản lý thuế 2025. Cơ quan thuế phải áp dụng quản lý rủi ro trong quá trình kiểm tra. Công nghệ thông tin cũng được sử dụng để hỗ trợ phân tích và đánh giá dữ liệu. Đặc biệt, pháp luật mới ưu tiên kiểm tra trực tuyến và từ xa. Hình thức này được thực hiện trên cơ sở dữ liệu điện tử của người nộp thuế. Quy định này giúp giảm việc kiểm tra trực tiếp khi dữ liệu điện tử đã đủ căn cứ. Doanh nghiệp cũng có thể giảm thời gian chuẩn bị và làm việc trực tiếp với đoàn kiểm tra.

2.2. Lần đầu quy định cụ thể về kiểm tra thuế bằng phương thức điện tử

Đây là một trong những điểm mới đáng chú ý nhất của Thông tư 89/2026/TT-BTC. Theo Điều 89, kiểm tra trực tuyến, từ xa được áp dụng cho cả hai hình thức kiểm tra. Đó là kiểm tra tại trụ sở cơ quan thuế và kiểm tra tại trụ sở người nộp thuế. Việc kiểm tra được thực hiện thông qua cổng giao tiếp điện tử. Cơ quan thuế sử dụng hệ thống thông tin quản lý thuế và dữ liệu do người nộp thuế cung cấp. Các hoạt động trong quá trình kiểm tra cũng có thể thực hiện bằng phương thức điện tử. Nội dung này gồm giải trình, trao đổi và cung cấp tài liệu. Biên bản và văn bản xử lý cũng có thể được lập theo phương thức điện tử. Hồ sơ, tài liệu điện tử được ký và lưu trữ theo quy định. Điều này tạo ra thay đổi lớn trong cách doanh nghiệp làm việc với cơ quan thuế. Doanh nghiệp cần chú trọng quản lý dữ liệu và chứng từ điện tử.

2.3. Có thể chuyển sang kiểm tra trực tiếp nếu dữ liệu điện tử chưa đủ

Kiểm tra điện tử không có nghĩa cơ quan thuế luôn kiểm tra từ xa. Trường hợp dữ liệu chưa đủ căn cứ, cơ quan thuế có thể xác minh thực tế. Nếu cần xác minh trực tiếp, cơ quan thuế thực hiện kiểm tra tại trụ sở người nộp thuế. Điều này giúp kết hợp giữa kiểm tra điện tử và kiểm tra thực tế. Doanh nghiệp vì vậy không nên chỉ chuẩn bị hồ sơ bản giấy. Dữ liệu kế toán, hóa đơn và chứng từ điện tử cũng cần được lưu trữ đầy đủ.

2.4. Bổ sung nhiều trường hợp bãi bỏ quyết định kiểm tra

Thông tư 89/2026/TT-BTC quy định cụ thể các trường hợp quyết định kiểm tra bị bãi bỏ. Quy định này giúp hạn chế tình trạng kiểm tra chồng chéo. Đồng thời, cơ quan thuế có cơ sở xử lý khi điều kiện kiểm tra không còn phù hợp.

Một số trường hợp đáng chú ý gồm:

• Nội dung hoặc kỳ kiểm tra bị trùng với quyết định thanh tra, kiểm tra của cơ quan nhà nước có thẩm quyền.

• Cơ quan điều tra hoặc cơ quan thanh tra đang điều tra, thanh tra người nộp thuế.

• Người nộp thuế không hoạt động tại địa chỉ đăng ký kinh doanh.

• Người nộp thuế đề nghị hủy hồ sơ hoàn thuế trước khi công bố quyết định kiểm tra.

• Một số trường hợp thay đổi tình trạng pháp lý khiến việc kiểm tra không còn phù hợp.

• Người nộp thuế đã chứng minh số thuế kê khai là đúng và nộp đủ số thuế phải nộp trước khi công bố quyết định.

Đây là điểm mới có ý nghĩa thực tế đối với doanh nghiệp. Không phải mọi quyết định kiểm tra đã ban hành đều mặc nhiên được thực hiện đến cùng.

2.5. Quy định rõ hơn khi người nộp thuế không ký biên bản kiểm tra

Thông tư 89/2026/TT-BTC cũng bổ sung cách xử lý khi người nộp thuế không ký biên bản kiểm tra. Trường hợp người nộp thuế không ký, biên bản vẫn có thể được xác nhận. Khi đó, Trưởng đoàn kiểm tra ký biên bản và cần có người xác nhận việc không ký. Người xác nhận có thể là đại diện chính quyền cấp xã nơi xảy ra vi phạm. Trường hợp phù hợp, có thể là ít nhất một người chứng kiến. Nếu không có chữ ký của đại diện chính quyền cấp xã hoặc người chứng kiến, biên bản phải ghi rõ lý do. Quy định này giúp tránh việc biên bản bị đình trệ chỉ vì người nộp thuế không ký.

III. Trình tự kiểm tra thuế tại trụ sở người nộp thuế

3.1. Ban hành quyết định kiểm tra

Việc kiểm tra tại trụ sở người nộp thuế phải có quyết định kiểm tra. Quyết định do người có thẩm quyền của cơ quan thuế ban hành. Đối với kiểm tra các nội dung và thời kỳ có rủi ro, quyết định được lập theo Mẫu số 06/KTT. Trường hợp gia hạn, sử dụng Mẫu số 07/KTT theo quy định. Quyết định kiểm tra phải được gửi cho người nộp thuế trong thời hạn 03 ngày làm việc. Thời hạn kiểm tra thực hiện theo quy định của Luật Quản lý thuế.

3.2. Công bố quyết định kiểm tra

Sau khi ban hành, quyết định kiểm tra phải được công bố trong thời hạn 10 ngày làm việc. Trưởng đoàn kiểm tra có trách nhiệm công bố quyết định. Việc công bố được lập thành biên bản theo Mẫu số 08/KTT. Đây là căn cứ để bắt đầu thực hiện các nội dung kiểm tra. Tuy nhiên, trước khi công bố, quyết định có thể bị bãi bỏ trong các trường hợp pháp luật quy định. Vì vậy, doanh nghiệp cần kiểm tra kỹ nội dung quyết định khi nhận được.

3.3. Thực hiện kiểm tra

Đoàn kiểm tra tiến hành kiểm tra theo nội dung và thời kỳ đã được phê duyệt. Doanh nghiệp có trách nhiệm cung cấp hồ sơ và giải trình các nội dung được yêu cầu. Phạm vi kiểm tra cần được thực hiện đúng quyết định. Cơ quan thuế không được tùy ý mở rộng nội dung kiểm tra ngoài căn cứ pháp luật. Doanh nghiệp cũng cần cử người có thẩm quyền làm việc với đoàn kiểm tra. Kế toán nên chuẩn bị trước hồ sơ kế toán, hóa đơn và các tài liệu liên quan.

3.4. Lập biên bản kiểm tra

Kết thúc kiểm tra, đoàn kiểm tra lập biên bản. Biên bản phản ánh các nội dung đã kiểm tra và kết quả xác định. Doanh nghiệp cần đọc kỹ biên bản trước khi ký. Nếu có ý kiến khác với kết luận của đoàn kiểm tra, doanh nghiệp nên ghi rõ ý kiến. Việc này giúp bảo vệ quyền giải trình của người nộp thuế. Doanh nghiệp không nên ký xác nhận khi chưa kiểm tra các số liệu quan trọng.

IV. Kiểm tra thuế tại trụ sở cơ quan thuế trong trường hợp nào?

Thông tư 89/2026/TT-BTC cũng quy định một số trường hợp địa điểm kiểm tra được thực hiện tại trụ sở cơ quan thuế.

Đáng chú ý là một số trường hợp liên quan đến hoàn thuế GTGT cho đối tượng được hưởng quyền ưu đãi, miễn trừ ngoại giao. Ngoài ra còn có trường hợp người nộp thuế không có trụ sở hoặc cơ quan thuế không thể kiểm tra tại trụ sở.

Điều này giúp cơ quan thuế có thêm phương án xử lý phù hợp với từng hồ sơ. Doanh nghiệp cần xác định đúng địa điểm kiểm tra để chuẩn bị hồ sơ.

V. Doanh nghiệp cần chuẩn bị gì khi bị kiểm tra thuế?

Khi nhận quyết định kiểm tra, doanh nghiệp nên rà soát hồ sơ trước khi đoàn kiểm tra làm việc.

Trước hết, doanh nghiệp cần đối chiếu tờ khai với sổ kế toán. Các số liệu trên báo cáo tài chính cũng cần được kiểm tra lại.

Hồ sơ hóa đơn cần được rà soát theo từng kỳ. Doanh nghiệp nên kiểm tra các hóa đơn đầu vào, đầu ra và chứng từ thanh toán.

Ngoài ra, cần chuẩn bị hồ sơ chứng minh các khoản chi phí. Hợp đồng, biên bản nghiệm thu và chứng từ thanh toán cần được sắp xếp khoa học.

Một số nhóm hồ sơ doanh nghiệp nên chuẩn bị gồm:

• Hồ sơ đăng ký và thông tin thuế.

• Tờ khai thuế và chứng từ nộp thuế.

• Sổ kế toán và báo cáo tài chính.

• Hóa đơn điện tử.

• Hợp đồng kinh tế.

• Chứng từ thanh toán.

• Hồ sơ tiền lương và bảo hiểm.

• Hồ sơ tài sản cố định.

• Hồ sơ hàng tồn kho.

• Hồ sơ giao dịch liên kết nếu có.

Việc chuẩn bị sớm giúp doanh nghiệp giảm thời gian giải trình. Đồng thời, kế toán có thể phát hiện sai sót để xử lý trước khi kiểm tra.

VI. Quy định mới tác động thế nào đến doanh nghiệp?

Điểm mới của Thông tư 89/2026/TT-BTC cho thấy hoạt động kiểm tra thuế đang chuyển mạnh sang môi trường số. Doanh nghiệp có hệ thống dữ liệu tốt sẽ thuận lợi hơn khi làm việc với cơ quan thuế. Ngược lại, dữ liệu thiếu hoặc không đồng nhất có thể làm tăng thời gian giải trình. Đặc biệt, doanh nghiệp cần quản lý thống nhất dữ liệu giữa kế toán và hệ thống hóa đơn điện tử. Các chỉ tiêu trên tờ khai cũng cần được đối chiếu thường xuyên. Doanh nghiệp cũng có thêm cơ sở để đề nghị xử lý khi việc kiểm tra bị trùng lặp. Đây là điểm đáng chú ý trong trường hợp doanh nghiệp đang chịu nhiều hoạt động thanh tra, kiểm tra.

VII. Một số lưu ý khi kiểm tra thuế tại trụ sở người nộp thuế

Thông tư mới đặt trọng tâm vào quản lý rủi ro. Vì vậy, doanh nghiệp có hồ sơ thuế minh bạch sẽ giảm được nhiều rủi ro khi kiểm tra. Doanh nghiệp không nên đợi đến khi nhận quyết định kiểm tra mới rà soát hồ sơ. Việc kiểm tra nội bộ nên được thực hiện định kỳ. Khi cơ quan thuế yêu cầu giải trình, doanh nghiệp cần trả lời đúng trọng tâm. Hồ sơ cung cấp cũng phải phù hợp với nội dung được yêu cầu. Nếu phát hiện sai sót, doanh nghiệp cần đánh giá nguyên nhân và hậu quả. Tùy trường hợp, doanh nghiệp có thể phải khai bổ sung và nộp thêm tiền thuế.

VIII. Kết luận

Quy định kiểm tra thuế tại trụ sở người nộp thuế tại Thông tư 89/2026/TT-BTC có nhiều thay đổi đáng chú ý. Nổi bật nhất là lần đầu quy định cụ thể về kiểm tra thuế bằng phương thức điện tử. Thông tư cũng bổ sung các trường hợp bãi bỏ quyết định kiểm tra. Quy định mới giúp hạn chế kiểm tra trùng lặp và xử lý các tình huống thực tế. Doanh nghiệp cần chủ động chuẩn hóa dữ liệu kế toán và hồ sơ thuế. Đây sẽ là yếu tố quan trọng khi cơ quan thuế tăng cường kiểm tra dựa trên dữ liệu điện tử.