Công văn 5746/CT-CS giới thiệu điểm mới tại Thông tư 89/2026/TT-BTC là văn bản kế toán, doanh nghiệp và người nộp thuế cần cập nhật trong tháng 8/2026. Công văn do Cục Thuế ban hành ngày 10/08/2026 nhằm giới thiệu, hướng dẫn triển khai những nội dung đáng chú ý của Thông tư 89/2026/TT-BTC về quản lý thuế. Thông tư này có hiệu lực từ 01/7/2026, quy định chi tiết Luật Quản lý thuế số 108/2025/QH15 và Nghị định 252/2026/NĐ-CP. Nhiều nội dung mới liên quan đến khai thuế TNCN theo quý, hồ sơ điện tử, quản lý rủi ro, kiểm tra thuế điện tử và biểu mẫu khai thuế được áp dụng từ tháng 7/2026.
Mục lục
I. Công văn 5746/CT-CS và Thông tư 89/2026/TT-BTC

1.1. Công văn 5746/CT-CS được ban hành khi nào?
Ngày 10/08/2026, Cục Thuế ban hành Công văn 5746/CT-CS giới thiệu nội dung mới tại Thông tư 89/2026/TT-BTC. Văn bản được ban hành sau khi Thông tư 89 đã chính thức có hiệu lực nhằm giúp cơ quan thuế, doanh nghiệp và người nộp thuế nắm bắt các quy định mới.Công văn có ý nghĩa quan trọng trong việc triển khai thống nhất các quy định mới về quản lý thuế.Tuy nhiên, cần lưu ý rằng công văn có tính chất giới thiệu, hướng dẫn thực hiện, còn căn cứ pháp lý trực tiếp vẫn là Luật Quản lý thuế, Nghị định 252/2026/NĐ-CP và Thông tư 89/2026/TT-BTC.
1.2. Thông tư 89/2026/TT-BTC có hiệu lực từ khi nào?
Thông tư 89/2026/TT-BTC được Bộ trưởng Bộ Tài chính ban hành ngày 30/6/2026. Thông tư có hiệu lực từ 01/7/2026. Thông tư quy định chi tiết một số điều của Luật Quản lý thuế số 108/2025/QH15 và Nghị định 252/2026/NĐ-CP. Đây là một trong những văn bản quan trọng tạo khung hướng dẫn mới về quản lý thuế từ tháng 7/2026.
1.3. Những đối tượng cần cập nhật
Các quy định mới có ảnh hưởng đến nhiều nhóm đối tượng, gồm:
-
Doanh nghiệp.
-
Tổ chức trả thu nhập.
-
Cá nhân có nghĩa vụ thuế.
-
Hộ kinh doanh.
-
Cá nhân kinh doanh.
-
Tổ chức, cá nhân có liên quan đến quản lý thuế.
Do đó, kế toán cần rà soát lại quy trình khai thuế, hồ sơ thuế và biểu mẫu đang sử dụng từ kỳ tính thuế áp dụng quy định mới.
II. Khai thuế TNCN theo quý từ 01/7/2026
2.1. Không còn khai thuế TNCN theo tháng đối với tiền lương, tiền công
Một trong những điểm mới đáng chú ý của Thông tư 89/2026/TT-BTC là tổ chức, cá nhân trả thu nhập từ tiền lương, tiền công thực hiện khai thuế TNCN theo quý và quyết toán thuế năm. Quy định này được hướng dẫn tại Điều 22 Thông tư 89/2026/TT-BTC. Như vậy, từ 01/7/2026, doanh nghiệp cần rà soát phương thức khai thuế TNCN đang thực hiện. Đây là thay đổi có tác động trực tiếp đến bộ phận kế toán tiền lương và kế toán thuế.
2.2. Doanh nghiệp cần thay đổi quy trình kê khai
Trước đây, doanh nghiệp thuộc trường hợp khai thuế TNCN theo tháng phải thực hiện tờ khai định kỳ hàng tháng.
Từ 01/7/2026, việc khai thuế TNCN từ tiền lương, tiền công được chuyển sang khai theo quý.
Kế toán cần cập nhật:
-
Lịch kê khai thuế.
-
Phần mềm kế toán.
-
Phần mềm khai thuế.
-
Quy trình lập bảng lương.
-
Quy trình đối chiếu số thuế khấu trừ.
-
Hồ sơ quyết toán thuế cuối năm.
2.3. Vẫn phải quyết toán thuế TNCN năm
Việc chuyển từ khai tháng sang khai quý không đồng nghĩa với việc bỏ quyết toán thuế TNCN năm. Tổ chức trả thu nhập vẫn thực hiện quyết toán theo quy định. Do đó, kế toán cần bảo đảm số liệu thu nhập và số thuế đã khấu trừ được theo dõi đầy đủ trong từng quý để phục vụ quyết toán cuối năm.
III. Hồ sơ và giao dịch thuế điện tử được tăng cường
3.1. Hồ sơ thuế điện tử gồm những gì?
Thông tư 89/2026/TT-BTC quy định cụ thể hơn về hồ sơ, chứng từ điện tử trong giao dịch thuế điện tử.
Theo Điều 9, hồ sơ, chứng từ điện tử bao gồm:
-
Hồ sơ thuế điện tử.
-
Chứng từ nộp ngân sách nhà nước điện tử.
-
Văn bản, thông báo, quyết định hành chính thuế và các văn bản khác của cơ quan thuế được lập, gửi, nhận và lưu trữ bằng phương thức điện tử.
Các hồ sơ, chứng từ điện tử phải được xác nhận điện tử theo quy định.
3.2. Tài liệu giấy kèm theo hồ sơ điện tử
Trường hợp thành phần hồ sơ có tài liệu giấy, tài liệu này phải được chuyển đổi sang dạng điện tử theo quy định về giao dịch điện tử. Tuy nhiên, có ngoại lệ đối với tài liệu, thông tin thuộc phạm vi bí mật nhà nước hoặc trường hợp pháp luật quy định không thực hiện bằng phương tiện điện tử. Điều này cho thấy xu hướng quản lý thuế từ tháng 7/2026 tiếp tục chuyển mạnh sang môi trường số.
3.3. Doanh nghiệp cần tăng cường lưu trữ hồ sơ điện tử
Kế toán không chỉ cần quan tâm đến việc gửi hồ sơ thành công.
Doanh nghiệp còn cần bảo đảm khả năng:
-
Tra cứu hồ sơ.
-
Lưu trữ dữ liệu.
-
Đối chiếu thông tin.
-
Xuất trình hồ sơ khi cơ quan thuế yêu cầu.
-
Bảo đảm tính toàn vẹn của chứng từ điện tử.
Đây là vấn đề cần được đưa vào quy trình quản lý hồ sơ kế toán, thuế của doanh nghiệp.
IV. Quản lý thuế theo mức độ tuân thủ và rủi ro
4.1. Bổ sung cơ chế phân nhóm người nộp thuế
Một điểm đáng chú ý khác là Thông tư 89/2026/TT-BTC bổ sung cơ sở pháp lý cho quản lý thuế theo phương pháp quản lý rủi ro.
Người nộp thuế có thể được phân nhóm dựa trên nhiều tiêu chí như:
-
Quy mô hoạt động.
-
Lĩnh vực kinh doanh.
-
Lịch sử tuân thủ.
-
Mức độ rủi ro.
-
Tình trạng kê khai và nộp thuế.
-
Kết quả kiểm tra thuế.
-
Việc chấp hành quyết định của cơ quan thuế.
4.2. Lĩnh vực có rủi ro cao được chú trọng
Cơ chế quản lý rủi ro đặc biệt có ý nghĩa đối với các lĩnh vực như:
-
Thương mại điện tử.
-
Kinh doanh trên nền tảng số.
-
Giao dịch xuyên biên giới.
-
Các hoạt động có dấu hiệu rủi ro thuế cao.
Cơ quan thuế có thể dựa trên dữ liệu để đánh giá mức độ tuân thủ và rủi ro của người nộp thuế.
4.3. Doanh nghiệp cần chú trọng lịch sử tuân thủ
Quản lý thuế dựa trên rủi ro khiến việc kê khai đúng và nộp thuế đúng hạn ngày càng quan trọng.
Doanh nghiệp nên chủ động kiểm tra:
-
Tờ khai thuế.
-
Số thuế phải nộp.
-
Tiền chậm nộp.
-
Hóa đơn điện tử.
-
Hồ sơ hoàn thuế.
-
Hồ sơ miễn, giảm thuế.
-
Tình trạng chấp hành kết luận kiểm tra.
Việc duy trì dữ liệu thuế chính xác giúp doanh nghiệp hạn chế rủi ro trong quá trình quản lý thuế.
V. Kiểm tra thuế bằng phương thức điện tử
5.1. Lần đầu có cơ sở pháp lý rõ hơn cho kiểm tra điện tử
Thông tư 89/2026/TT-BTC bổ sung cơ sở pháp lý cho kiểm tra thuế bằng phương thức điện tử.Theo đó, hoạt động kiểm tra có thể được triển khai trên dữ liệu điện tử.Việc này giúp giảm thời gian và chi phí, đồng thời hạn chế việc phải tiếp xúc trực tiếp trong một số khâu của quá trình kiểm tra.
5.2. Có thể giải trình và cung cấp hồ sơ điện tử
Trong quá trình kiểm tra, việc:
-
Giải trình.
-
Cung cấp hồ sơ.
-
Trao đổi thông tin.
-
Lập biên bản.
-
Ban hành văn bản xử lý.
có thể được thực hiện bằng phương thức điện tử theo quy định.
Điều này đòi hỏi doanh nghiệp phải quản lý dữ liệu kế toán và thuế một cách có hệ thống.
5.3. Khi nào có thể chuyển sang kiểm tra trực tiếp?
Nếu dữ liệu điện tử không đủ căn cứ để kết luận hoặc cần xác minh thực tế, cơ quan thuế có thể chuyển sang kiểm tra trực tiếp tại trụ sở người nộp thuế theo quy định.Do đó, doanh nghiệp không nên hiểu kiểm tra điện tử là việc cơ quan thuế sẽ không yêu cầu cung cấp hồ sơ.Ngược lại, doanh nghiệp cần chuẩn bị khả năng cung cấp hồ sơ đầy đủ dưới dạng điện tử.
VI. Những thay đổi kế toán cần lưu ý từ 01/7/2026
6.1. Thay đổi biểu mẫu khai thuế
Thông tư 89/2026/TT-BTC thay thế một số biểu mẫu khai thuế.Đáng chú ý là các mẫu dành cho hộ và cá nhân kinh doanh.Theo Điều 99, một số mẫu tại Thông tư 50/2026/TT-BTC và Thông tư 18/2026/TT-BTC được thay thế bằng các mẫu tương ứng tại Phụ lục I ban hành kèm theo Thông tư 89/2026/TT-BTC.Kế toán và hộ kinh doanh cần kiểm tra đúng mẫu trước khi lập hồ sơ khai thuế.
6.2. Bãi bỏ một số thông tư về thuế
Thông tư 89/2026/TT-BTC cũng bãi bỏ một số thông tư về thuế kể từ ngày 01/7/2026.Điều này nhằm đồng bộ hệ thống văn bản với Luật Quản lý thuế mới và Nghị định 252/2026/NĐ-CP.Doanh nghiệp không nên tiếp tục sử dụng máy móc các mẫu biểu hoặc căn cứ pháp lý đã được thay thế, bãi bỏ.
6.3. Hồ sơ khai thuế trước 01/7/2026 xử lý thế nào?
Đối với hồ sơ khai thuế có kỳ tính thuế trước ngày 01/7/2026, người nộp thuế thực hiện theo mẫu biểu áp dụng trước thời điểm Thông tư 89/2026/TT-BTC có hiệu lực.Các quyết định, thông báo của cơ quan thuế đã ban hành trước ngày Thông tư có hiệu lực tiếp tục được thực hiện theo nội dung đã ban hành cho đến khi hết thời hạn hoặc hết hiệu lực.Đây là điểm kế toán cần đặc biệt lưu ý khi xử lý hồ sơ chuyển tiếp giữa hai giai đoạn.
6.4. Ví dụ doanh nghiệp chuyển kỳ khai TNCN
Công ty A trước ngày 01/7/2026 đang thực hiện khai thuế TNCN theo tháng.
Từ 01/7/2026, doanh nghiệp chuyển sang khai thuế TNCN theo quý đối với thu nhập từ tiền lương, tiền công theo quy định mới.
Kế toán cần:
Bước 1: Kiểm tra kỳ khai thuế đang áp dụng.
Bước 2: Xác định kỳ tính thuế thuộc giai đoạn trước hay sau 01/7/2026.
Bước 3: Sử dụng đúng mẫu hồ sơ tương ứng.
Bước 4: Cập nhật lịch khai thuế theo quý.
Bước 5: Tiếp tục theo dõi số liệu để phục vụ quyết toán năm.
6.5. Lưu ý cho kế toán
Sau Công văn 5746/CT-CS, kế toán nên rà soát ít nhất 5 nhóm nội dung:
-
Phương pháp khai thuế TNCN.
-
Mẫu hồ sơ khai thuế.
-
Hồ sơ và chứng từ điện tử.
-
Dữ liệu phục vụ quản lý rủi ro.
-
Quy trình chuẩn bị hồ sơ khi kiểm tra thuế.
Việc rà soát sớm giúp hạn chế tình trạng sử dụng sai mẫu hoặc áp dụng quy định cũ cho kỳ tính thuế mới.
VII. Kết luận
Công văn 5746/CT-CS ngày 10/08/2026 của Cục Thuế là tài liệu đáng chú ý giúp doanh nghiệp và kế toán cập nhật các nội dung mới tại Thông tư 89/2026/TT-BTC. Thông tư có hiệu lực từ 01/7/2026 và hướng dẫn Luật Quản lý thuế số 108/2025/QH15 cùng Nghị định 252/2026/NĐ-CP.
Những thay đổi đáng chú ý gồm khai thuế TNCN theo quý đối với thu nhập từ tiền lương, tiền công; tăng cường giao dịch và hồ sơ thuế điện tử; thay đổi một số biểu mẫu khai thuế; áp dụng quản lý thuế theo rủi ro và bổ sung cơ sở pháp lý cho kiểm tra thuế bằng phương thức điện tử.
Đối với doanh nghiệp, việc quan trọng không chỉ là đọc văn bản mà cần rà soát lại quy trình kế toán, lịch khai thuế, mẫu biểu và hệ thống lưu trữ hồ sơ. Đặc biệt, với các kỳ tính thuế trước và sau ngày 01/7/2026, kế toán cần xác định đúng thời điểm áp dụng để tránh sử dụng nhầm quy định hoặc mẫu biểu.


