Kiểm tra thuế tại trụ sở cơ quan thuế như thế nào?

Kiểm tra thuế tại trụ sở cơ quan thuế là hình thức kiểm tra dựa trên hồ sơ thuế và dữ liệu quản lý thuế của người nộp thuế. Từ ngày 01/7/2026, Luật Quản lý thuế 2025 và Thông tư 89/2026/TT-BTC đã có quy định cụ thể hơn về hình thức kiểm tra này. Cơ quan thuế sẽ ưu tiên phân tích dữ liệu và yêu cầu người nộp thuế giải trình trước khi chuyển sang bước xử lý tiếp theo.

I. Kiểm tra thuế tại trụ sở cơ quan thuế là gì?

1.1. Khái niệm kiểm tra tại trụ sở cơ quan thuế

Kiểm tra tại trụ sở cơ quan thuế được thực hiện trên cơ sở hồ sơ thuế và dữ liệu quản lý thuế. Cơ quan thuế sử dụng thông tin trên hệ thống để rà soát nội dung kê khai của người nộp thuế. Việc kiểm tra nhằm đánh giá tính chính xác, đầy đủ và trung thực của hồ sơ. Cơ quan thuế cũng xem xét việc tuân thủ pháp luật thuế của người nộp thuế. Khác với kiểm tra tại doanh nghiệp, hình thức này chủ yếu được thực hiện tại cơ quan thuế. Người nộp thuế có thể được yêu cầu giải trình hoặc cung cấp thêm tài liệu khi phát sinh nội dung cần làm rõ.

1.2. Cơ sở để cơ quan thuế thực hiện kiểm tra

Theo Thông tư 89/2026/TT-BTC, cơ quan thuế sử dụng công nghệ thông tin để phân loại rủi ro hồ sơ. Người nộp thuế có hồ sơ thuế được phân loại rủi ro cao có thể thuộc diện kiểm tra tại trụ sở cơ quan thuế. Cơ quan thuế sẽ rà soát hồ sơ và đối chiếu với dữ liệu đang quản lý. Dữ liệu có thể gồm thông tin kê khai, hóa đơn điện tử và các thông tin liên quan khác. Nếu phát hiện nội dung có dấu hiệu khai sai, cơ quan thuế sẽ yêu cầu người nộp thuế giải trình. Đây là bước quan trọng trước khi cơ quan thuế đưa ra kết luận xử lý.

II. Trường hợp nào được kiểm tra tại trụ sở cơ quan thuế?

2.1. Hồ sơ thuế có rủi ro cao

Đối tượng chính của hình thức kiểm tra này là người nộp thuế có hồ sơ được phân loại rủi ro cao. Việc phân loại được thực hiện bằng hệ thống công nghệ thông tin của cơ quan thuế.

Cơ quan thuế sẽ lập danh sách hồ sơ có rủi ro để thực hiện kiểm tra. Tuy nhiên, không phải mọi hồ sơ rủi ro cao đều kiểm tra tại cơ quan thuế. Một số trường hợp thuộc diện kiểm tra trực tiếp tại trụ sở người nộp thuế sẽ được xử lý theo quy định riêng.

2.2. Hồ sơ có dấu hiệu khai sai

Hồ sơ được kiểm tra khi cơ quan thuế phát hiện dấu hiệu khai sai hoặc không chính xác. Nội dung cần làm rõ có thể liên quan đến số thuế phải nộp. Ngoài ra, việc kiểm tra còn có thể liên quan đến số thuế được miễn, giảm hoặc hoàn. Số thuế còn được khấu trừ chuyển kỳ sau cũng có thể là nội dung được rà soát.

2.3. Không phải cứ rủi ro cao là kiểm tra trực tiếp tại doanh nghiệp

Đây là điểm doanh nghiệp cần phân biệt. Kiểm tra tại cơ quan thuế và kiểm tra tại trụ sở người nộp thuế là hai hình thức khác nhau. Với hồ sơ phù hợp điều kiện, cơ quan thuế có thể xử lý ngay trên hồ sơ. Người nộp thuế chỉ cần giải trình và cung cấp tài liệu theo yêu cầu. Nếu chưa đủ căn cứ xử lý, cơ quan thuế có thể chuyển sang kiểm tra tại trụ sở người nộp thuế. Việc này giúp cơ quan thuế xác minh thực tế khi dữ liệu hiện có chưa đủ kết luận.

III. Trình tự kiểm tra thuế tại trụ sở cơ quan thuế

3.1. Phân loại hồ sơ theo mức độ rủi ro

Bước đầu tiên là cơ quan thuế phân loại hồ sơ thuế theo mức độ rủi ro. Hệ thống công nghệ thông tin được sử dụng để hỗ trợ việc phân tích. Sau khi xác định hồ sơ có rủi ro cao, cơ quan thuế tiến hành rà soát nội dung kê khai. Cơ quan thuế sẽ đối chiếu hồ sơ với dữ liệu đang có trên hệ thống.

3.2. Rà soát và đối chiếu hồ sơ

Cơ quan thuế sẽ phân tích các thông tin có liên quan đến nghĩa vụ thuế. Nội dung kiểm tra có thể tập trung vào doanh thu, chi phí, thuế đầu vào và thuế đầu ra. Ngoài ra, cơ quan thuế có thể đối chiếu dữ liệu hóa đơn điện tử. Mục tiêu là xác định những nội dung có dấu hiệu chưa chính xác hoặc cần giải trình thêm. Nếu hồ sơ không có vấn đề, cơ quan thuế có thể chấp nhận hồ sơ. Nếu phát sinh nội dung cần làm rõ, người nộp thuế sẽ nhận được thông báo.

3.3. Thông báo lần 1 yêu cầu giải trình

Khi phát hiện nội dung cần làm rõ, cơ quan thuế ban hành Thông báo lần 1. Thông báo được lập theo Mẫu số 01/KTT Phụ lục IV ban hành kèm Thông tư 89/2026/TT-BTC. Người nộp thuế phải giải trình và bổ sung thông tin theo yêu cầu. Thời hạn thực hiện là 10 ngày làm việc kể từ ngày cơ quan thuế ban hành thông báo. Việc giải trình có thể được thực hiện theo nhiều phương thức. Người nộp thuế có thể giải trình trực tiếp hoặc thực hiện trực tuyến. Ngoài ra, hồ sơ có thể được gửi bằng văn bản qua dịch vụ bưu chính.

3.4. Thông báo lần 2 nếu chưa đủ căn cứ

Nếu người nộp thuế đã giải trình nhưng chưa đủ căn cứ, cơ quan thuế có thể ban hành Thông báo lần 2. Thông báo này yêu cầu người nộp thuế tiếp tục giải trình hoặc cung cấp thêm tài liệu. Thời hạn giải trình và cung cấp tài liệu lần 2 cũng là 10 ngày làm việc. Cơ quan thuế không thông báo giải trình quá 2 lần đối với mỗi hồ sơ khai thuế được kiểm tra tại trụ sở cơ quan thuế. Do đó, doanh nghiệp cần chuẩn bị tài liệu đầy đủ ngay từ lần giải trình đầu tiên. Việc cung cấp chứng từ rõ ràng giúp hạn chế nguy cơ chuyển sang bước xử lý sâu hơn.

IV. Xử lý kết quả sau khi giải trình

4.1. Trường hợp giải trình chứng minh số thuế đã khai là đúng

Nếu người nộp thuế cung cấp đầy đủ tài liệu và chứng minh số thuế đã khai là chính xác, hồ sơ được chấp nhận. Hồ sơ giải trình và tài liệu bổ sung sẽ được lưu cùng hồ sơ thuế.

Trường hợp người nộp thuế chủ động khai bổ sung trước khi giải trình mà vẫn chứng minh được số thuế là đúng, hồ sơ cũng có thể được chấp nhận theo quy định.

4.2. Trường hợp người nộp thuế không giải trình

Nếu hết thời hạn thông báo lần 2 mà người nộp thuế không giải trình, cơ quan thuế sẽ xử lý theo quy định. Trường hợp có đủ căn cứ, cơ quan thuế có thể ấn định số thuế phải nộp. Nếu chưa đủ căn cứ để ấn định, cơ quan thuế có thể ban hành quyết định kiểm tra tại trụ sở người nộp thuế. Doanh nghiệp vì vậy không nên bỏ qua thông báo của cơ quan thuế. Việc không phản hồi đúng hạn có thể khiến quá trình xử lý chuyển sang bước kiểm tra trực tiếp.

4.3. Trường hợp phát hiện hành vi vi phạm

Nếu qua rà soát và giải trình, cơ quan thuế có đủ căn cứ xác định hành vi vi phạm, cơ quan thuế có thể thực hiện kiểm tra tại trụ sở cơ quan thuế. Theo Thông tư 89/2026/TT-BTC, trường hợp này có thể ban hành Quyết định kiểm tra tại trụ sở cơ quan thuế theo Mẫu số 04/KTT. Thời hạn kiểm tra không quá 10 ngày làm việc. Kết thúc kiểm tra, đoàn kiểm tra và người nộp thuế ký Biên bản kiểm tra theo Mẫu số 05/KTT.

V. Kiểm tra tại trụ sở cơ quan thuế kéo dài bao lâu?

5.1. Thời hạn giải trình

Ở giai đoạn yêu cầu giải trình, người nộp thuế có 10 ngày làm việc cho mỗi thông báo.

Cơ quan thuế được yêu cầu giải trình tối đa 2 lần đối với mỗi hồ sơ. Như vậy, doanh nghiệp cần theo dõi thời hạn trên từng thông báo để tránh quá hạn.

5.2. Thời hạn kiểm tra theo quyết định

Nếu cơ quan thuế ban hành quyết định kiểm tra tại trụ sở cơ quan thuế, thời hạn kiểm tra là không quá 10 ngày làm việc. Đây là thời hạn áp dụng cho thủ tục kiểm tra theo quy định tại Thông tư 89/2026/TT-BTC.

Thời hạn này khác với kiểm tra tại trụ sở người nộp thuế. Đối với kiểm tra trực tiếp tại doanh nghiệp, thời hạn thông thường không quá 20 ngày. Doanh nghiệp có giao dịch liên kết có thể áp dụng thời hạn riêng theo Luật Quản lý thuế.

VI. Người nộp thuế cần chuẩn bị gì?

6.1. Hồ sơ khai thuế và chứng từ liên quan

Khi nhận thông báo giải trình, kế toán cần xác định chính xác nội dung cơ quan thuế yêu cầu. Không nên gửi toàn bộ hồ sơ nếu yêu cầu chỉ liên quan đến một số khoản mục.

Tùy nội dung kiểm tra, doanh nghiệp có thể chuẩn bị:

• Tờ khai thuế và phụ lục liên quan.
• Hóa đơn đầu vào, đầu ra.
• Hợp đồng kinh tế.
• Chứng từ thanh toán.
• Phiếu nhập, xuất kho.
• Sổ kế toán và bảng đối chiếu.
• Hồ sơ chứng minh doanh thu, chi phí.
• Tài liệu giải trình các khoản chênh lệch.

Việc chuẩn bị đúng trọng tâm giúp quá trình giải trình nhanh hơn. Đồng thời, doanh nghiệp cũng hạn chế việc cung cấp thông tin không liên quan.

6.2. Kiểm tra tính thống nhất của số liệu

Trước khi gửi giải trình, kế toán nên đối chiếu số liệu giữa các kỳ. Cần kiểm tra sự thống nhất giữa tờ khai thuế, sổ kế toán và hóa đơn điện tử.

Đặc biệt, doanh nghiệp nên rà soát các khoản có biến động lớn. Những khoản này thường cần giải thích rõ về nguyên nhân và chứng từ đi kèm.

6.3. Chủ động khai bổ sung nếu phát hiện sai sót

Nếu doanh nghiệp tự phát hiện sai sót, cần đánh giá khả năng khai bổ sung trước khi giải trình. Việc khai bổ sung phải được thực hiện đúng quy định của pháp luật quản lý thuế.

Không nên cố giải trình một số liệu đã xác định là sai. Hồ sơ bổ sung chính xác giúp doanh nghiệp hạn chế rủi ro phát sinh tiền thuế và xử phạt.

VII. Kiểm tra trực tuyến, từ xa có thay thế kiểm tra trực tiếp không?

7.1. Kiểm tra bằng phương thức điện tử

Một điểm mới đáng chú ý từ năm 2026 là kiểm tra thuế có thể được thực hiện trực tuyến, từ xa trên dữ liệu điện tử. Hình thức này áp dụng cho cả kiểm tra tại trụ sở cơ quan thuế và một số trường hợp kiểm tra tại trụ sở người nộp thuế.

Cơ quan thuế có thể sử dụng cổng giao tiếp điện tử để trao đổi với người nộp thuế. Việc giải trình, cung cấp tài liệu và lập văn bản có thể thực hiện bằng phương thức điện tử.

7.2. Khi nào chuyển sang kiểm tra trực tiếp?

Nếu dữ liệu điện tử chưa đủ căn cứ để kết luận, cơ quan thuế có thể cần xác minh thực tế. Khi đó, việc kiểm tra có thể chuyển sang kiểm tra trực tiếp tại trụ sở người nộp thuế theo quy định.

Điều này cho thấy cơ quan thuế đang tăng cường kiểm tra dựa trên dữ liệu. Doanh nghiệp cần bảo đảm hồ sơ điện tử và hồ sơ kế toán được lưu trữ đầy đủ.

VIII. Quyền và nghĩa vụ của doanh nghiệp khi kiểm tra thuế

8.1. Quyền của người nộp thuế

Luật Quản lý thuế 2025 ghi nhận nhiều quyền của người nộp thuế trong quá trình kiểm tra. Người nộp thuế có quyền được giải trình và bảo lưu ý kiến về nội dung kiểm tra.

Đặc biệt, người nộp thuế có quyền từ chối cung cấp thông tin không liên quan đến nội dung kiểm tra. Người nộp thuế cũng có quyền khiếu nại hoặc khởi kiện theo quy định pháp luật.

8.2. Nghĩa vụ của người nộp thuế

Bên cạnh quyền, doanh nghiệp phải cung cấp thông tin và tài liệu theo yêu cầu hợp pháp. Nội dung cung cấp phải đầy đủ, chính xác và đúng thời hạn.

Doanh nghiệp cũng cần phối hợp với cơ quan thuế trong quá trình giải trình. Việc không cung cấp tài liệu hoặc không giải trình đúng hạn có thể dẫn đến các bước xử lý tiếp theo.

IX. Kết luận

Kiểm tra thuế tại trụ sở cơ quan thuế là hình thức kiểm tra dựa trên hồ sơ và dữ liệu quản lý thuế. Từ ngày 01/7/2026, cơ quan thuế thực hiện phân loại rủi ro và tăng cường ứng dụng công nghệ thông tin trong quá trình kiểm tra. Khi hồ sơ có rủi ro cao và phát sinh nội dung cần làm rõ, cơ quan thuế có thể yêu cầu người nộp thuế giải trình. Người nộp thuế có 10 ngày làm việc để thực hiện theo thông báo. Cơ quan thuế có thể yêu cầu giải trình tối đa 2 lần đối với mỗi hồ sơ. Nếu doanh nghiệp chứng minh được số thuế đã khai là đúng, hồ sơ được chấp nhận. Nếu không giải trình hoặc giải trình không đủ căn cứ, cơ quan thuế có thể ấn định thuế hoặc chuyển sang kiểm tra tại trụ sở người nộp thuế. Do đó, kế toán cần thường xuyên đối chiếu tờ khai với hóa đơn và sổ sách. Khi nhận thông báo của cơ quan thuế, doanh nghiệp nên xác định đúng nội dung cần giải trình. Việc chuẩn bị hồ sơ đầy đủ sẽ giúp quá trình kiểm tra diễn ra thuận lợi hơn.