Hoàn thuế giá trị gia tăng (GTGT) luôn là một trong những vấn đề được doanh nghiệp đặc biệt quan tâm, nhất là đối với doanh nghiệp xuất khẩu, doanh nghiệp đầu tư dự án mới và các đơn vị thường xuyên phát sinh số thuế GTGT đầu vào chưa được khấu trừ. Từ năm 2025 đến 2026, nhiều quy định mới về thuế GTGT đã chính thức có hiệu lực, trong đó có những thay đổi quan trọng liên quan đến điều kiện và thủ tục hoàn thuế.Việc nắm rõ các quy định mới không chỉ giúp doanh nghiệp rút ngắn thời gian xử lý hồ sơ mà còn hạn chế nguy cơ bị từ chối hoàn thuế hoặc bị cơ quan thuế yêu cầu giải trình bổ sung.
Mục lục
I. Những thay đổi quan trọng về hoàn thuế GTGT từ năm 2026
1.1 Bãi bỏ điều kiện người bán phải kê khai và nộp thuế GTGT
Một trong những thay đổi đáng chú ý nhất là việc Chính phủ ban hành Nghị định 359/2025/NĐ-CP, có hiệu lực từ ngày 01/01/2026, bãi bỏ quy định yêu cầu người bán phải kê khai và nộp thuế GTGT thì người mua mới được hoàn thuế GTGT đầu vào.
Trước đây, nhiều doanh nghiệp gặp khó khăn khi đề nghị hoàn thuế do nhà cung cấp chưa nộp tờ khai thuế hoặc còn nợ thuế GTGT. Điều này khiến doanh nghiệp mua hàng dù có đầy đủ hóa đơn hợp lệ vẫn có nguy cơ không được hoàn thuế.
Từ năm 2026, quy định này đã được bãi bỏ, giúp giảm đáng kể rủi ro cho doanh nghiệp và tạo điều kiện thuận lợi hơn trong quá trình hoàn thuế.
1.2 Áp dụng cho cả hồ sơ đã nộp nhưng chưa được giải quyết
Một điểm tích cực khác là các hồ sơ hoàn thuế GTGT đã được cơ quan thuế tiếp nhận trước ngày 01/01/2026 nhưng chưa ban hành quyết định hoàn thuế cũng không phải đáp ứng điều kiện liên quan đến việc người bán đã kê khai và nộp thuế GTGT.
Điều này giúp tháo gỡ nhiều hồ sơ tồn đọng và tạo cơ hội cho doanh nghiệp sớm nhận được khoản thuế được hoàn.
1.3 Đơn giản hóa điều kiện hoàn thuế
Việc loại bỏ điều kiện phụ thuộc vào nghĩa vụ thuế của người bán giúp doanh nghiệp chủ động hơn trong quá trình chuẩn bị hồ sơ hoàn thuế.
Thay vì phải kiểm soát tình trạng kê khai thuế của toàn bộ nhà cung cấp, doanh nghiệp chỉ cần tập trung vào việc đảm bảo tính hợp pháp, hợp lệ của hồ sơ, chứng từ và hóa đơn đầu vào.
II. Các trường hợp doanh nghiệp được hoàn thuế GTGT
2.1 Hoàn thuế đối với hàng hóa, dịch vụ xuất khẩu
Doanh nghiệp có hoạt động xuất khẩu nếu phát sinh số thuế GTGT đầu vào chưa được khấu trừ từ 300 triệu đồng trở lên trong tháng hoặc quý thì được xem xét hoàn thuế theo quy định.
Đây vẫn là nhóm đối tượng được hoàn thuế phổ biến nhất hiện nay.
2.2 Hoàn thuế đối với dự án đầu tư
Doanh nghiệp đang thực hiện dự án đầu tư mới có thể được hoàn thuế GTGT đầu vào phát sinh trong quá trình đầu tư nếu đáp ứng đầy đủ điều kiện theo quy định của pháp luật.
Việc hoàn thuế giúp doanh nghiệp giảm áp lực dòng tiền trong giai đoạn đầu tư ban đầu.
2.3 Hoàn thuế khi nộp thừa
Trong trường hợp doanh nghiệp nộp thừa tiền thuế hoặc phát sinh khoản thuế được hoàn theo quyết định của cơ quan có thẩm quyền, doanh nghiệp có quyền đề nghị hoàn trả phần thuế nộp thừa theo quy định hiện hành.
2.4 Các trường hợp hoàn thuế khác theo Luật Thuế GTGT
Luật Thuế GTGT 2024 đã quy định nhiều trường hợp hoàn thuế khác nhau tùy thuộc vào đặc điểm hoạt động kinh doanh của doanh nghiệp. Vì vậy, doanh nghiệp cần rà soát kỹ điều kiện áp dụng đối với từng trường hợp cụ thể.
III. Điều kiện doanh nghiệp cần đáp ứng để được hoàn thuế
3.1 Áp dụng phương pháp khấu trừ thuế
Doanh nghiệp đề nghị hoàn thuế GTGT phải thực hiện kê khai thuế theo phương pháp khấu trừ. Đây là điều kiện cơ bản để phát sinh quyền hoàn thuế.
3.2 Có hóa đơn, chứng từ hợp pháp
Toàn bộ hóa đơn đầu vào dùng để đề nghị hoàn thuế phải:
- Hợp pháp
- Hợp lệ
- Đúng quy định về hóa đơn điện tử
Ngoài ra, các chứng từ liên quan đến hoạt động mua bán hàng hóa, dịch vụ cũng cần được lưu trữ đầy đủ.
3.3 Thanh toán không dùng tiền mặt
Đối với nhiều khoản chi phí đủ điều kiện khấu trừ và hoàn thuế, doanh nghiệp phải có chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt theo quy định của pháp luật về thuế GTGT.
3.4 Thực hiện đầy đủ chế độ kế toán
Doanh nghiệp phải:
- Mở sổ kế toán
- Lưu trữ chứng từ kế toán
- Hạch toán đầy đủ nghiệp vụ kinh tế phát sinh
Việc thiếu hồ sơ hoặc hạch toán không nhất quán có thể làm kéo dài thời gian giải quyết hồ sơ hoàn thuế.
IV. Những sai sót khiến hồ sơ hoàn thuế bị từ chối
4.1 Hóa đơn đầu vào không hợp lệ
Đây là nguyên nhân phổ biến nhất khiến doanh nghiệp bị loại trừ số thuế đề nghị hoàn.
Các lỗi thường gặp gồm:
- Sai mã số thuế
- Sai thông tin doanh nghiệp
- Hóa đơn không đúng quy định
- Hóa đơn bị hủy hoặc điều chỉnh
4.2 Thiếu chứng từ thanh toán
Nếu doanh nghiệp không cung cấp được chứng từ thanh toán theo quy định, cơ quan thuế có thể không chấp nhận khoản thuế đầu vào tương ứng.
4.3 Hồ sơ không đồng nhất
Sự khác biệt giữa:
- Hóa đơn
- Hợp đồng
- Biên bản nghiệm thu
- Chứng từ thanh toán
- Sổ kế toán
có thể khiến cơ quan thuế yêu cầu giải trình hoặc kiểm tra bổ sung.
4.4 Kê khai sai số liệu
Sai sót trong kê khai thuế GTGT đầu vào, đầu ra hoặc kê khai nhầm kỳ tính thuế cũng là nguyên nhân phổ biến dẫn đến việc hồ sơ hoàn thuế bị kéo dài thời gian xử lý.
V. Doanh nghiệp cần làm gì để tăng khả năng được hoàn thuế nhanh?
5.1 Rà soát hóa đơn thường xuyên
Doanh nghiệp nên kiểm tra hóa đơn ngay khi nhận được để kịp thời xử lý các sai sót phát sinh.
5.2 Lưu trữ hồ sơ đầy đủ
Hồ sơ hoàn thuế nên được lưu trữ theo từng bộ riêng biệt bao gồm:
- Hợp đồng
- Hóa đơn
- Chứng từ thanh toán
- Tờ khai thuế
- Chứng từ xuất khẩu (nếu có)
5.3 Đối chiếu dữ liệu định kỳ
Việc đối chiếu dữ liệu giữa kế toán, thuế và hóa đơn điện tử giúp doanh nghiệp phát hiện sai lệch trước khi nộp hồ sơ hoàn thuế.
5.4 Chủ động cập nhật quy định mới
Chính sách thuế GTGT đang có nhiều thay đổi trong giai đoạn 2025–2026. Vì vậy, doanh nghiệp cần thường xuyên cập nhật quy định mới để tránh các rủi ro không đáng có.
VI. Kết luận
Các quy định mới về hoàn thuế GTGT năm 2026 mang lại nhiều thuận lợi hơn cho doanh nghiệp, đặc biệt là việc bãi bỏ điều kiện người bán phải kê khai và nộp thuế GTGT mới được hoàn thuế. Thay đổi này giúp giảm đáng kể các vướng mắc trong thực tế và hỗ trợ doanh nghiệp tiếp cận nguồn tiền hoàn thuế nhanh hơn. Tuy nhiên, để được hoàn thuế thuận lợi, doanh nghiệp vẫn cần đảm bảo hóa đơn hợp lệ, chứng từ đầy đủ, thanh toán đúng quy định và thực hiện tốt công tác kế toán thuế.