Chuyển nhượng doanh nghiệp có phải kê khai thuế không là vấn đề nhiều người quan tâm. Trên thực tế, mua bán doanh nghiệp thường được thực hiện thông qua chuyển nhượng vốn hoặc cổ phần. Giao dịch có thể phát sinh thuế thu nhập cá nhân hoặc thuế thu nhập doanh nghiệp. Vì vậy, các bên cần xác định đúng hình thức chuyển nhượng trước khi thực hiện nghĩa vụ thuế.
Mục lục
- I. Chuyển nhượng doanh nghiệp có phải kê khai thuế không?
- II. Chuyển nhượng doanh nghiệp có phải nộp thuế GTGT không?
- III. Cá nhân chuyển nhượng doanh nghiệp phải kê khai thuế gì?
- IV. Doanh nghiệp chuyển nhượng vốn phải kê khai thuế gì?
- V. Ai là người có trách nhiệm kê khai và nộp thuế?
- VI. Thời hạn kê khai thuế khi chuyển nhượng doanh nghiệp
- VII. Hồ sơ kê khai thuế khi chuyển nhượng doanh nghiệp gồm những gì?
- VIII. Chuyển nhượng doanh nghiệp không có lãi có phải kê khai thuế không?
- IX. Những lưu ý quan trọng khi chuyển nhượng doanh nghiệp
- X. Kết luận
I. Chuyển nhượng doanh nghiệp có phải kê khai thuế không?

1.1. Chuyển nhượng doanh nghiệp thường là chuyển nhượng vốn
Pháp luật không quy định một thủ tục chung có tên là “bán doanh nghiệp”. Khi mua bán công ty, các bên thường thực hiện chuyển nhượng phần vốn góp hoặc cổ phần. Sau giao dịch, doanh nghiệp vẫn tiếp tục tồn tại với mã số và các quyền, nghĩa vụ của mình.
Vì vậy, nghĩa vụ thuế cần được xác định theo bản chất của giao dịch. Nếu cá nhân chuyển nhượng phần vốn góp, thu nhập từ giao dịch có thể chịu thuế TNCN. Nếu doanh nghiệp chuyển nhượng phần vốn đầu tư, khoản thu nhập này có thể chịu thuế TNDN.
1.2. Chuyển nhượng vốn có phải kê khai thuế không?
Câu trả lời là có thể có. Việc chuyển nhượng vốn thuộc phạm vi điều chỉnh của pháp luật thuế và có thể phát sinh nghĩa vụ kê khai. Tuy nhiên, loại thuế và cách tính sẽ phụ thuộc vào bên chuyển nhượng là cá nhân hay tổ chức.
Đối với cá nhân, thu nhập từ chuyển nhượng vốn thuộc thu nhập chịu thuế TNCN. Đối với doanh nghiệp, thu nhập từ chuyển nhượng vốn thuộc nhóm thu nhập khác chịu thuế TNDN. Các bên không nên chỉ căn cứ vào việc doanh nghiệp có thay đổi thành viên hay không để xác định nghĩa vụ thuế.
II. Chuyển nhượng doanh nghiệp có phải nộp thuế GTGT không?
2.1. Chuyển nhượng vốn thuộc đối tượng không chịu thuế GTGT
Chuyển nhượng vốn không phải là giao dịch chịu thuế GTGT. Luật Thuế GTGT hiện hành xếp chuyển nhượng vốn vào nhóm dịch vụ tài chính, ngân hàng và kinh doanh chứng khoán không chịu thuế GTGT. Quy định này áp dụng cả trường hợp chuyển nhượng một phần hoặc toàn bộ số vốn đã đầu tư vào tổ chức kinh tế.
Đáng chú ý, trường hợp bán doanh nghiệp cho doanh nghiệp khác cũng được quy định trong nhóm này. Điều kiện là doanh nghiệp mua kế thừa toàn bộ quyền và nghĩa vụ của doanh nghiệp bán. Tuy nhiên, quy định này không áp dụng cho trường hợp chuyển nhượng dự án đầu tư hoặc bán tài sản.
2.2. Không chịu thuế GTGT không có nghĩa là không có nghĩa vụ thuế
Đây là điểm rất dễ gây nhầm lẫn khi mua bán doanh nghiệp. Chuyển nhượng vốn không chịu thuế GTGT nhưng vẫn có thể phát sinh thuế TNCN hoặc TNDN. Các bên vẫn phải xác định thu nhập từ giao dịch để thực hiện nghĩa vụ thuế tương ứng.
Do đó, không nên hiểu rằng giao dịch chuyển nhượng doanh nghiệp được miễn toàn bộ thuế. Việc không tính thuế GTGT chỉ liên quan đến loại thuế này. Nghĩa vụ thuế thu nhập vẫn phải được xem xét riêng.
III. Cá nhân chuyển nhượng doanh nghiệp phải kê khai thuế gì?
3.1. Cá nhân cư trú chuyển nhượng phần vốn góp
Khi cá nhân chuyển nhượng phần vốn góp, thu nhập từ giao dịch thuộc diện chịu thuế TNCN. Theo Luật Thuế TNCN số 109/2025/QH15, cá nhân cư trú chuyển nhượng vốn áp dụng thuế suất 20% trên thu nhập tính thuế. Thu nhập tính thuế được xác định bằng giá chuyển nhượng trừ giá mua và các chi phí hợp lý liên quan.
Trường hợp không xác định được giá mua và chi phí liên quan, thuế TNCN được tính bằng giá chuyển nhượng nhân với thuế suất 2%. Thuế được xác định theo từng lần chuyển nhượng. Thời điểm xác định thu nhập tính thuế là thời điểm giao dịch hoàn thành theo quy định.
3.2. Ví dụ cách tính thuế TNCN khi chuyển nhượng vốn
Giả sử ông A mua phần vốn góp với giá 2 tỷ đồng. Sau đó, ông A chuyển nhượng phần vốn này với giá 3 tỷ đồng. Chi phí hợp lý liên quan đến giao dịch là 100 triệu đồng.
Khi đó, thu nhập tính thuế được xác định như sau:
Thu nhập tính thuế = 3 tỷ – 2 tỷ – 100 triệu = 900 triệu đồng.
Thuế TNCN = 900 triệu × 20% = 180 triệu đồng.
Đây là ví dụ để minh họa cách tính. Khi kê khai thực tế, cá nhân cần có chứng từ chứng minh giá mua và chi phí liên quan. Nếu không đủ căn cứ xác định các khoản này, phương pháp tính thuế có thể được áp dụng theo quy định riêng.
3.3. Cá nhân không cư trú chuyển nhượng vốn
Cá nhân không cư trú cũng có thể phát sinh thuế TNCN khi chuyển nhượng vốn. Theo quy định hiện hành, thuế được tính trên thu nhập từ chuyển nhượng phần vốn tại tổ chức, cá nhân Việt Nam. Thuế suất áp dụng là 20% trên thu nhập tính thuế.
Nếu không xác định được giá mua và các chi phí liên quan, thuế được tính bằng giá chuyển nhượng nhân với 2%. Vì vậy, việc xác định tình trạng cư trú của người bán là bước cần thực hiện trước khi kê khai. Hồ sơ giao dịch cũng cần thể hiện rõ thông tin của bên chuyển nhượng.
IV. Doanh nghiệp chuyển nhượng vốn phải kê khai thuế gì?
4.1. Thu nhập từ chuyển nhượng vốn chịu thuế TNDN
Nếu bên bán là doanh nghiệp, khoản thu nhập từ chuyển nhượng vốn thuộc thu nhập chịu thuế TNDN. Văn bản hợp nhất 61/VBHN-VPQH xác định thu nhập từ chuyển nhượng vốn là một khoản thu nhập khác của doanh nghiệp.
Thu nhập tính thuế được xác định dựa trên thu nhập chịu thuế và các khoản được trừ theo quy định. Khi chuyển nhượng vốn, doanh nghiệp cần xác định giá chuyển nhượng, giá vốn và chi phí liên quan. Các khoản chi phí cần có hồ sơ và chứng từ phù hợp để làm căn cứ tính thuế.
4.2. Cần xác định đúng giá vốn khi chuyển nhượng
Giá vốn là một nội dung quan trọng khi doanh nghiệp kê khai thuế. Doanh nghiệp cần có tài liệu chứng minh khoản vốn đã đầu tư vào đơn vị được chuyển nhượng. Chứng từ góp vốn và hồ sơ kế toán là những tài liệu cần được lưu giữ đầy đủ.
Nếu hồ sơ không đầy đủ, việc xác định thu nhập từ chuyển nhượng có thể gặp khó khăn. Doanh nghiệp cũng có thể phải giải trình với cơ quan thuế khi giao dịch được kiểm tra. Vì vậy, hồ sơ giao dịch nên được chuẩn bị ngay từ thời điểm ký hợp đồng.
V. Ai là người có trách nhiệm kê khai và nộp thuế?
5.1. Trường hợp bên chuyển nhượng là cá nhân
Cá nhân chuyển nhượng vốn là người phát sinh thu nhập từ giao dịch. Vì vậy, cần xác định trách nhiệm kê khai và nộp thuế của cá nhân theo quy định quản lý thuế. Trường hợp giao dịch thuộc cơ chế khấu trừ hoặc kê khai thay, các bên cần thực hiện theo quy định tương ứng.
Người bán và người mua nên thống nhất rõ trách nhiệm thuế trong hợp đồng. Nội dung này có thể bao gồm người kê khai, người nộp thuế và bên chịu chi phí thuế. Tuy nhiên, thỏa thuận giữa các bên không làm thay đổi nghĩa vụ thuế theo pháp luật.
5.2. Trường hợp bên chuyển nhượng là doanh nghiệp
Nếu doanh nghiệp chuyển nhượng phần vốn đầu tư, khoản thu nhập được tính vào thu nhập chịu thuế TNDN. Doanh nghiệp cần hạch toán đầy đủ giao dịch và xác định giá vốn của phần vốn chuyển nhượng. Các chứng từ liên quan cũng phải được lưu cùng hồ sơ kế toán.
Việc kê khai cần thực hiện theo quy định quản lý thuế áp dụng cho doanh nghiệp. Không nên chỉ thực hiện thủ tục thay đổi thành viên hoặc cổ đông mà bỏ qua hồ sơ thuế. Hai nhóm thủ tục này có tính chất khác nhau và cần được thực hiện đầy đủ.
VI. Thời hạn kê khai thuế khi chuyển nhượng doanh nghiệp
6.1. Thuế khai theo từng lần phát sinh
Đối với loại thuế khai theo từng lần phát sinh, thời hạn nộp hồ sơ khai thuế được quy định khá rõ. Theo Nghị định 252/2026/NĐ-CP, thời hạn thông thường là ngày thứ 10 kể từ ngày tiếp theo ngày phát sinh nghĩa vụ thuế. Quy định này áp dụng cho loại thuế khai theo từng lần phát sinh, trừ trường hợp pháp luật có quy định riêng.
Do đó, người chuyển nhượng không nên chờ đến cuối năm mới thực hiện hồ sơ. Thời điểm giao dịch hoàn thành có ý nghĩa quan trọng trong việc xác định nghĩa vụ thuế. Các bên nên chuẩn bị hồ sơ ngay sau khi hoàn tất giao dịch.
6.2. Cần phân biệt thời hạn kê khai thuế với thời hạn thay đổi đăng ký doanh nghiệp
Sau khi chuyển nhượng vốn, doanh nghiệp có thể phải đăng ký thay đổi thành viên hoặc cổ đông. Đây là thủ tục về đăng ký doanh nghiệp và không thay thế hồ sơ khai thuế. Vì vậy, việc hoàn thành thủ tục thay đổi thông tin doanh nghiệp không đồng nghĩa với việc đã hoàn thành nghĩa vụ thuế.
Người mua và người bán nên lập kế hoạch cho cả hai nhóm thủ tục. Hồ sơ chuyển nhượng cần được chuẩn bị thống nhất từ hợp đồng đến chứng từ thanh toán. Cách này giúp hạn chế tình trạng hoàn tất đăng ký doanh nghiệp nhưng bỏ sót nghĩa vụ thuế.
VII. Hồ sơ kê khai thuế khi chuyển nhượng doanh nghiệp gồm những gì?
Hồ sơ cần chuẩn bị phụ thuộc vào chủ thể chuyển nhượng và loại giao dịch. Tuy nhiên, các bên nên lưu giữ đầy đủ tài liệu chứng minh giao dịch và căn cứ tính thuế. Đây cũng là cơ sở để giải trình khi cơ quan thuế yêu cầu.
Một số giấy tờ thường cần chuẩn bị gồm:
-
Hợp đồng chuyển nhượng phần vốn góp hoặc cổ phần.
-
Giấy tờ chứng minh giá vốn hoặc giá mua phần vốn.
-
Chứng từ góp vốn của bên chuyển nhượng.
-
Chứng từ thanh toán tiền chuyển nhượng.
-
Tài liệu chứng minh chi phí liên quan.
-
Hồ sơ thay đổi thành viên hoặc cổ đông.
-
Tờ khai thuế theo trường hợp áp dụng.
-
Các tài liệu khác theo yêu cầu của cơ quan thuế.
Đối với doanh nghiệp, cần lưu thêm chứng từ kế toán liên quan đến giao dịch. Nếu giao dịch có yếu tố nước ngoài, hồ sơ có thể phát sinh thêm tài liệu. Khi đó, các bên nên kiểm tra riêng quy định về quản lý thuế và nhà đầu tư nước ngoài.
VIII. Chuyển nhượng doanh nghiệp không có lãi có phải kê khai thuế không?
Không có lãi không đồng nghĩa với việc mọi trường hợp đều được bỏ qua thủ tục thuế. Trước tiên, cần xác định giao dịch có thuộc trường hợp phải kê khai hay không. Sau đó mới xác định số thuế thực tế phải nộp.
Ví dụ, cá nhân có đầy đủ căn cứ chứng minh giá mua và chi phí hợp lý. Nếu giá chuyển nhượng không cao hơn giá mua và chi phí theo quy định, thu nhập tính thuế có thể không phát sinh. Tuy nhiên, người bán vẫn cần xem xét nghĩa vụ kê khai theo loại giao dịch.
Vì vậy, không nên chỉ căn cứ vào việc “không có lãi” để kết luận không phải làm hồ sơ. Cần kiểm tra đồng thời hợp đồng, giá vốn, chi phí và thời điểm hoàn thành giao dịch. Đây là cách xác định nghĩa vụ thuế chính xác hơn.
IX. Những lưu ý quan trọng khi chuyển nhượng doanh nghiệp
9.1. Xác định đúng bản chất giao dịch
Trước khi kê khai, cần xác định giao dịch là chuyển nhượng vốn, cổ phần hay tài sản. Mỗi loại giao dịch có cách xác định nghĩa vụ thuế khác nhau. Đặc biệt, chuyển nhượng vốn và bán tài sản của doanh nghiệp không nên được hiểu là một.
Việc xác định sai bản chất có thể dẫn đến kê khai sai loại thuế. Do đó, hợp đồng cần thể hiện rõ đối tượng và phương thức chuyển nhượng. Các chứng từ thanh toán cũng phải phù hợp với nội dung hợp đồng.
9.2. Không nên ghi giá chuyển nhượng thiếu căn cứ
Giá chuyển nhượng là thông tin quan trọng để xác định nghĩa vụ thuế. Các bên nên chuẩn bị tài liệu chứng minh giá trị giao dịch và nguồn gốc phần vốn. Việc này đặc biệt cần thiết với giao dịch có giá trị lớn.
Nếu giá chuyển nhượng có vấn đề, cơ quan thuế có thể yêu cầu giải trình. Vì vậy, hồ sơ nên thể hiện đúng bản chất giao dịch. Không nên chỉ ghi một mức giá thấp để giảm số thuế phải nộp.
9.3. Lưu đầy đủ chứng từ thanh toán
Chứng từ thanh toán là căn cứ quan trọng để chứng minh giao dịch đã hoàn thành. Người mua và người bán nên thực hiện thanh toán đúng nội dung đã thỏa thuận. Các chứng từ cần được lưu cùng hợp đồng và hồ sơ thuế.
Đối với giao dịch có giá trị lớn, các bên nên sử dụng phương thức thanh toán phù hợp. Việc lưu giữ chứng từ đầy đủ cũng giúp xác định giá mua và giá chuyển nhượng. Đây là cơ sở quan trọng khi tính thu nhập chịu thuế.
9.4. Người mua vẫn cần kiểm tra nghĩa vụ thuế của doanh nghiệp
Chuyển nhượng vốn không làm doanh nghiệp trở thành một pháp nhân mới. Doanh nghiệp tiếp tục tồn tại cùng các quyền và nghĩa vụ đã phát sinh trước đó. Vì vậy, người mua cần kiểm tra cả nghĩa vụ thuế của chính doanh nghiệp được chuyển nhượng.
Nội dung rà soát nên bao gồm nợ thuế, tiền chậm nộp và hồ sơ khai thuế. Người mua cũng nên kiểm tra các quyết định xử lý thuế hoặc tranh chấp đang tồn tại. Đây là bước quan trọng khi mua doanh nghiệp đang hoạt động hoặc tạm ngừng.
X. Kết luận
Chuyển nhượng doanh nghiệp có phải kê khai thuế không còn phụ thuộc vào hình thức giao dịch. Nếu mua bán doanh nghiệp được thực hiện thông qua chuyển nhượng vốn, giao dịch có thể phát sinh thuế TNCN hoặc thuế TNDN. Riêng chuyển nhượng vốn thuộc đối tượng không chịu thuế GTGT theo quy định hiện hành


