Doanh nghiệp bị thanh tra thuế cần chuẩn bị hồ sơ gì?

Sorry, this entry is only available in Tiếng Việt. For the sake of viewer convenience, the content is shown below in the alternative language. You may click the link to switch the active language.

Doanh nghiệp bị thanh tra thuế cần chuẩn bị hồ sơ gì là vấn đề kế toán cần đặc biệt quan tâm khi nhận quyết định thanh tra. Hồ sơ càng đầy đủ, doanh nghiệp càng dễ giải trình các khoản doanh thu, chi phí và nghĩa vụ thuế. Doanh nghiệp nên rà soát hồ sơ pháp lý, sổ kế toán, hóa đơn và các tờ khai trước khi làm việc.

I. Thanh tra thuế là gì?

1.1. Thanh tra thuế nhằm kiểm tra nội dung nào?

Thanh tra thuế nhằm đánh giá việc chấp hành pháp luật thuế của doanh nghiệp. Cơ quan thuế có thể kiểm tra hồ sơ khai thuế, chứng từ và sổ sách kế toán. Các khoản doanh thu, chi phí, thu nhập chịu thuế cũng có thể được đối chiếu.

Doanh nghiệp cần chuẩn bị hồ sơ theo từng nhóm nghiệp vụ. Cách sắp xếp này giúp kế toán dễ cung cấp tài liệu khi được yêu cầu.

1.2. Vì sao doanh nghiệp cần chuẩn bị hồ sơ trước?

Hồ sơ thuế thường liên quan đến nhiều năm và nhiều nghiệp vụ khác nhau. Nếu chứng từ được lưu trữ thiếu hoặc không thống nhất, việc giải trình sẽ khó khăn hơn.

Doanh nghiệp nên rà soát hồ sơ trước khi thanh tra bắt đầu. Qua đó, kế toán có thể phát hiện sai sót và chuẩn bị phương án giải trình phù hợp.

II. Hồ sơ pháp lý doanh nghiệp cần chuẩn bị

2.1. Hồ sơ đăng ký doanh nghiệp

Đầu tiên, doanh nghiệp cần tập hợp đầy đủ hồ sơ pháp lý. Đây là nhóm tài liệu giúp cơ quan thuế xác định thông tin cơ bản của doanh nghiệp.

Hồ sơ nên chuẩn bị gồm:

• Giấy chứng nhận đăng ký doanh nghiệp.
• Thông báo thay đổi nội dung đăng ký doanh nghiệp.
• Giấy phép kinh doanh hoặc giấy phép con nếu có.
• Hồ sơ đăng ký thuế và các thông tin liên quan.
• Hồ sơ về đơn vị phụ thuộc, chi nhánh hoặc địa điểm kinh doanh.

Từ ngày 01/7/2026, quy định về đăng ký thuế được điều chỉnh theo Thông tư 90/2026/TT-BTC. Vì vậy, doanh nghiệp cũng nên rà soát thông tin đăng ký thuế hiện hành.

2.2. Hồ sơ quản trị và quy chế nội bộ

Một số nghiệp vụ kế toán cần căn cứ vào quy chế nội bộ của doanh nghiệp. Vì vậy, doanh nghiệp nên chuẩn bị các văn bản quản lý liên quan.

Có thể bao gồm quy chế tài chính, quy chế tiền lương và chính sách bán hàng. Ngoài ra, doanh nghiệp nên chuẩn bị quyết định bổ nhiệm và các biên bản họp liên quan.

III. Hồ sơ kế toán cần chuẩn bị khi thanh tra thuế

3.1. Sổ sách kế toán và báo cáo tài chính

Doanh nghiệp cần chuẩn bị hệ thống sổ kế toán của các năm thuộc phạm vi thanh tra. Sổ sách cần thống nhất với báo cáo tài chính và hồ sơ khai thuế đã nộp.

Các tài liệu quan trọng gồm:

• Sổ cái và sổ chi tiết các tài khoản.
• Bảng cân đối số phát sinh.
• Báo cáo tài chính.
• Thuyết minh báo cáo tài chính.
• Bảng phân bổ và khấu hao tài sản.
• Sổ theo dõi công nợ phải thu, phải trả.
• Sổ quỹ tiền mặt và các sổ liên quan.

Kế toán nên đối chiếu số liệu giữa các sổ trước khi cung cấp cho cơ quan thuế. Những chênh lệch cần được kiểm tra và chuẩn bị nội dung giải trình.

3.2. Chứng từ kế toán

Chứng từ kế toán là căn cứ quan trọng để chứng minh nghiệp vụ thực tế phát sinh. Doanh nghiệp nên sắp xếp chứng từ theo từng năm, tháng hoặc nhóm nghiệp vụ.

Một bộ chứng từ hoàn chỉnh thường cần thể hiện đầy đủ quá trình phát sinh giao dịch. Các tài liệu liên quan nên được lưu cùng nhau để dễ đối chiếu.

Doanh nghiệp nên kiểm tra:

• Phiếu thu, phiếu chi.
• Phiếu nhập kho, phiếu xuất kho.
• Hóa đơn mua vào và bán ra.
• Biên bản giao nhận hàng hóa.
• Biên bản nghiệm thu.
• Biên bản thanh lý hợp đồng.
• Chứng từ thanh toán.
• Các tài liệu chứng minh nghiệp vụ thực tế.

IV. Hồ sơ hóa đơn và chứng từ cần chuẩn bị

4.1. Hóa đơn đầu vào

Hóa đơn đầu vào thường được kiểm tra cùng hợp đồng và chứng từ thanh toán. Doanh nghiệp cần chứng minh hàng hóa, dịch vụ thực tế phát sinh và phục vụ hoạt động kinh doanh.

Vì vậy, kế toán không nên chỉ tập hợp hóa đơn. Hồ sơ cần được sắp xếp cùng hợp đồng và các chứng từ liên quan.

Đối với những khoản chi có giá trị lớn, doanh nghiệp nên kiểm tra thêm chứng từ thanh toán. Hồ sơ càng thống nhất, việc giải trình càng thuận lợi.

4.2. Hóa đơn đầu ra

Hóa đơn bán hàng cần được đối chiếu với doanh thu đã hạch toán. Kế toán nên kiểm tra tính liên tục và sự thống nhất giữa hóa đơn với sổ doanh thu.

Doanh nghiệp cũng cần rà soát các hóa đơn điều chỉnh, thay thế hoặc hủy. Những hóa đơn này nên được lưu cùng hồ sơ xử lý sai sót tương ứng.

V. Hồ sơ thuế doanh nghiệp cần chuẩn bị

5.1. Hồ sơ thuế GTGT

Doanh nghiệp cần tập hợp toàn bộ tờ khai thuế GTGT thuộc kỳ thanh tra. Số liệu trên tờ khai cần được đối chiếu với sổ kế toán và hóa đơn.

Hồ sơ nên gồm:

• Tờ khai thuế GTGT.
• Bảng kê hoặc phụ lục liên quan.
• Hồ sơ khai bổ sung nếu có.
• Hóa đơn đầu vào.
• Hóa đơn đầu ra.
• Chứng từ nộp thuế.
• Hồ sơ hoàn thuế nếu doanh nghiệp từng đề nghị hoàn.

Kế toán nên đặc biệt rà soát các khoản thuế GTGT đầu vào được khấu trừ. Đây thường là nội dung cần nhiều chứng từ để giải trình.

5.2. Hồ sơ thuế TNDN

Thuế TNDN cần được kiểm tra dựa trên doanh thu, chi phí và thu nhập chịu thuế. Doanh nghiệp cần chuẩn bị hồ sơ quyết toán thuế TNDN của các năm thuộc phạm vi thanh tra.

Các tài liệu nên chuẩn bị gồm:

• Tờ khai quyết toán thuế TNDN.
• Báo cáo tài chính.
• Phụ lục giao dịch liên kết nếu có.
• Bảng xác định chi phí được trừ.
• Hồ sơ khấu hao tài sản cố định.
• Hồ sơ trích lập dự phòng.
• Chứng từ liên quan đến các khoản chi lớn.

Đặc biệt, doanh nghiệp nên rà soát các khoản chi phí có nguy cơ bị loại. Những khoản này cần được chuẩn bị căn cứ pháp lý và chứng từ chứng minh đầy đủ.

5.3. Hồ sơ thuế TNCN

Nếu doanh nghiệp có người lao động, hồ sơ thuế TNCN cũng cần được kiểm tra. Kế toán nên đối chiếu tiền lương, bảng chấm công và số thuế đã khấu trừ.

Hồ sơ cần rà soát gồm:

• Tờ khai thuế TNCN.
• Hồ sơ quyết toán thuế TNCN.
• Bảng lương.
• Hợp đồng lao động.
• Phụ lục hợp đồng.
• Chứng từ khấu trừ thuế.
• Hồ sơ đăng ký người phụ thuộc.
• Chứng từ nộp thuế TNCN.

VI. Hồ sơ hợp đồng và chứng minh chi phí

6.1. Hợp đồng mua hàng và dịch vụ

Hợp đồng là tài liệu quan trọng để chứng minh cơ sở phát sinh giao dịch. Doanh nghiệp nên phân loại hợp đồng đầu vào và đầu ra riêng biệt.

Mỗi hợp đồng nên được lưu cùng phụ lục và chứng từ thực hiện. Hồ sơ có thể bao gồm biên bản giao nhận, nghiệm thu và thanh lý hợp đồng.

6.2. Hồ sơ chi phí tiền lương

Chi phí tiền lương cần được chứng minh bằng nhiều tài liệu liên quan. Doanh nghiệp nên đối chiếu hợp đồng lao động với bảng lương và chứng từ thanh toán.

Các khoản thưởng, phụ cấp và phúc lợi cũng cần có căn cứ rõ ràng. Quy chế tiền lương và quyết định chi trả nên được lưu cùng hồ sơ.

VII. Hồ sơ ngân hàng và tiền mặt

7.1. Chứng từ ngân hàng

Doanh nghiệp nên chuẩn bị sổ phụ và sao kê của các tài khoản ngân hàng. Các giao dịch lớn cần được đối chiếu với hợp đồng, hóa đơn và sổ kế toán.

Kế toán nên kiểm tra:

• Sổ phụ ngân hàng.
• Sao kê tài khoản.
• Ủy nhiệm chi.
• Giấy báo Có, báo Nợ.
• Chứng từ thanh toán tiền hàng.
• Các giao dịch vay và trả nợ.

Việc đối chiếu này giúp doanh nghiệp phát hiện những khoản chưa hạch toán hoặc hạch toán chưa đúng.

7.2. Chứng từ tiền mặt

Đối với tiền mặt, doanh nghiệp cần chuẩn bị phiếu thu và phiếu chi. Sổ quỹ tiền mặt cũng phải thống nhất với số liệu kế toán.

Nếu phát sinh các khoản chi lớn, kế toán nên kiểm tra thêm chứng từ gốc. Những khoản chi thiếu căn cứ thường cần được giải trình rõ trong quá trình thanh tra.

VIII. Hồ sơ hàng tồn kho và tài sản cố định

8.1. Hồ sơ hàng tồn kho

Doanh nghiệp cần chuẩn bị sổ chi tiết hàng tồn kho và chứng từ nhập xuất. Số liệu tồn kho cần phù hợp với báo cáo tài chính.

Hồ sơ nên có:

• Phiếu nhập kho.
• Phiếu xuất kho.
• Biên bản kiểm kê.
• Sổ chi tiết hàng tồn kho.
• Bảng tổng hợp nhập xuất tồn.
• Hồ sơ xử lý hàng hư hỏng hoặc thiếu hụt.

Nếu có chênh lệch kiểm kê, doanh nghiệp cần chuẩn bị biên bản và hồ sơ xử lý tương ứng.

8.2. Hồ sơ tài sản cố định

Đối với tài sản cố định, doanh nghiệp cần chuẩn bị hồ sơ mua sắm và đưa tài sản vào sử dụng. Hồ sơ cũng cần thể hiện nguyên giá và thời gian trích khấu hao.

Các chứng từ quan trọng gồm hóa đơn mua tài sản, hợp đồng và biên bản bàn giao. Doanh nghiệp cũng nên chuẩn bị bảng tính khấu hao qua từng kỳ.

IX. Checklist hồ sơ trước khi làm việc với cơ quan thuế

Trước ngày thanh tra, kế toán nên lập một checklist riêng cho từng sắc thuế. Cách này giúp hạn chế bỏ sót hồ sơ và dễ xác định tài liệu cần bổ sung.

Doanh nghiệp nên rà soát tối thiểu các nhóm sau:

• Hồ sơ pháp lý doanh nghiệp.
• Sổ sách kế toán.
• Báo cáo tài chính.
• Tờ khai và quyết toán thuế.
• Hóa đơn đầu vào, đầu ra.
• Hợp đồng kinh tế.
• Hồ sơ nghiệm thu, giao nhận và thanh lý.
• Chứng từ ngân hàng và tiền mặt.
• Hồ sơ tiền lương và người lao động.
• Hồ sơ hàng tồn kho.
• Hồ sơ tài sản cố định.
• Hồ sơ giao dịch liên kết nếu có.
• Hồ sơ hoàn thuế hoặc khai bổ sung nếu có.
• Các công văn giải trình và hồ sơ làm việc trước đây với cơ quan thuế.

Một checklist được lập theo từng năm sẽ giúp kế toán kiểm tra nhanh hơn. Đồng thời, doanh nghiệp có thể chủ động chuẩn bị tài liệu theo đúng nội dung thanh tra.

X. Doanh nghiệp cần lưu ý gì khi chuẩn bị hồ sơ?

10.1. Không nên bổ sung chứng từ một cách thiếu căn cứ

Khi rà soát hồ sơ, doanh nghiệp có thể phát hiện chứng từ còn thiếu. Tuy nhiên, không nên tự ý lập lại chứng từ nếu nghiệp vụ thực tế không phát sinh.

Doanh nghiệp cần xác định nguyên nhân thiếu hồ sơ trước khi xử lý. Các tài liệu bổ sung phải phản ánh đúng giao dịch và phù hợp với quy định pháp luật.

10.2. Đối chiếu số liệu trước khi giải trình

Trước khi làm việc với đoàn thanh tra, kế toán nên đối chiếu số liệu giữa các nguồn. Đặc biệt cần kiểm tra doanh thu, chi phí và số thuế đã kê khai.

Nếu phát hiện chênh lệch, doanh nghiệp nên xác định nguyên nhân và chuẩn bị giải trình. Việc chủ động rà soát giúp doanh nghiệp hạn chế bị động trong quá trình thanh tra.

XI. Kết luận

Doanh nghiệp bị thanh tra thuế cần chuẩn bị hồ sơ gì? Câu trả lời không chỉ gồm tờ khai thuế mà còn bao gồm toàn bộ chứng từ chứng minh nghiệp vụ. Doanh nghiệp cần chuẩn bị hồ sơ pháp lý, sổ sách, hóa đơn, hợp đồng và chứng từ thanh toán.

Quan trọng nhất, các hồ sơ phải thống nhất với số liệu đã kê khai và hạch toán. Kế toán nên rà soát trước từng sắc thuế để phát hiện sai sót và chuẩn bị nội dung giải trình.

Doanh nghiệp cũng nên sắp xếp hồ sơ theo từng năm và từng nhóm nghiệp vụ. Cách làm này giúp quá trình cung cấp tài liệu nhanh hơn và hạn chế thiếu hồ sơ khi cơ quan thuế yêu cầu.