Hướng dẫn áp dụng quản lý rủi ro trong quản lý hóa đơn, chứng từ từ 1/7/2026

Sorry, this entry is only available in Tiếng Việt. For the sake of viewer convenience, the content is shown below in the alternative language. You may click the link to switch the active language.

Quản lý rủi ro trong quản lý hóa đơn, chứng từ từ 1/7/2026 được thực hiện theo quy định mới tại Thông tư 94/2026/TT-BTC. Cơ quan thuế sẽ căn cứ dữ liệu và các tiêu chí rủi ro để phân loại người nộp thuế. Tùy mức độ rủi ro, cơ quan thuế có thể áp dụng biện pháp rà soát, kiểm tra hoặc ngừng sử dụng hóa đơn điện tử. Dưới đây là hướng dẫn chi tiết doanh nghiệp cần biết.

I. Quản lý rủi ro trong quản lý hóa đơn, chứng từ từ 1/7/2026

1.1. Căn cứ pháp lý về quản lý rủi ro

Từ ngày 01/7/2026, quản lý rủi ro trong quản lý hóa đơn, chứng từ được thực hiện theo Thông tư 94/2026/TT-BTC của Bộ Tài chính.

Thông tư được ban hành ngày 01/7/2026 và có hiệu lực cùng ngày. Văn bản này quy định về quản lý tuân thủ và quản lý rủi ro trong quản lý thuế. Thông tư 94 cũng thay thế Thông tư 31/2021/TT-BTC về áp dụng quản lý rủi ro trong quản lý thuế.

Cơ sở của quy định mới là Luật Quản lý thuế số 108/2025/QH15 và Nghị định 254/2026/NĐ-CP về hóa đơn điện tử, chứng từ điện tử.

1.2. Vì sao phải áp dụng quản lý rủi ro?

Quản lý rủi ro giúp cơ quan thuế tập trung nguồn lực vào những trường hợp có nguy cơ vi phạm cao. Cách quản lý này dựa nhiều hơn vào dữ liệu và phân tích tự động.

Theo Luật Quản lý thuế 2025, quản lý rủi ro được áp dụng trong nhiều hoạt động. Trong đó có quản lý và sử dụng hóa đơn, chứng từ. Cơ quan thuế thu thập, xử lý thông tin và đánh giá mức độ rủi ro để lựa chọn biện pháp quản lý phù hợp.

Thông tư 94/2026/TT-BTC cũng định hướng sử dụng dữ liệu trên Phân hệ quản lý tuân thủ và rủi ro thuế. Kết quả phân tích có thể được sử dụng để cảnh báo rủi ro, hỗ trợ người nộp thuế và phục vụ quản lý hóa đơn, chứng từ.

II. Cơ quan thuế phân loại rủi ro về hóa đơn, chứng từ như thế nào?

2.1. Căn cứ phân loại rủi ro

Theo Điều 20 Thông tư 94/2026/TT-BTC, cơ quan thuế căn cứ kết quả phân tích rủi ro theo từng bộ chỉ số, tiêu chí.

Từ kết quả này, người nộp thuế được phân loại theo mức độ rủi ro trong quản lý sử dụng hóa đơn, chứng từ.

Cách tiếp cận này giúp cơ quan thuế không áp dụng cùng một biện pháp cho tất cả doanh nghiệp. Trường hợp có mức rủi ro khác nhau sẽ được quản lý theo cách khác nhau.

2.2. Rủi ro cao được xử lý thế nào?

Đây là nhóm cần đặc biệt lưu ý.

Theo khoản 1 Điều 20 Thông tư 94/2026/TT-BTC, nếu người nộp thuế được xác định có rủi ro cao, cơ quan thuế có thể áp dụng các biện pháp quản lý phù hợp.

Các biện pháp có thể bao gồm:

• Không chấp nhận đăng ký sử dụng hóa đơn điện tử.
• Ngừng sử dụng hóa đơn điện tử.
• Áp dụng các biện pháp quản lý hóa đơn khác theo quy định.

Như vậy, doanh nghiệp có mức rủi ro cao có thể chịu biện pháp quản lý trực tiếp đối với việc sử dụng hóa đơn điện tử.

2.3. Rủi ro trung bình và thấp được xử lý thế nào?

Không phải cứ bị đưa vào diện phân tích rủi ro là doanh nghiệp sẽ bị ngừng sử dụng hóa đơn.

Đối với trường hợp rủi ro trung bình và rủi ro thấp, cơ quan thuế thực hiện các biện pháp quản lý ở mức phù hợp hơn.

Cụ thể:

• Lựa chọn mẫu để rà soát, kiểm tra và xử lý theo quy định.
• Tăng cường theo dõi dữ liệu hóa đơn, chứng từ.
• Phân tích dữ liệu để phát hiện và ngăn ngừa rủi ro.
• Hỗ trợ, hướng dẫn người nộp thuế thực hiện đúng quy định.

Cục Thuế sẽ hướng dẫn phương pháp chọn mẫu phù hợp với yêu cầu quản lý thuế của từng địa phương và từng thời kỳ.

III. Những thay đổi đáng chú ý từ 1/7/2026

3.1. Quản lý hóa đơn dựa nhiều hơn vào dữ liệu

Một điểm đáng chú ý là quản lý thuế hiện nay chuyển mạnh sang phương thức quản lý dựa trên dữ liệu.

Thông tin phục vụ đánh giá rủi ro được thu thập từ nhiều nguồn. Dữ liệu được xử lý trên hệ thống quản lý thuế để đánh giá mức độ tuân thủ và rủi ro.

Kết quả phân tích có thể được sử dụng để cảnh báo sớm. Người nộp thuế cũng có thể được hỗ trợ rà soát và khắc phục sai sót.

3.2. Rủi ro hóa đơn có thể ảnh hưởng trực tiếp đến việc sử dụng hóa đơn điện tử

Trước đây, doanh nghiệp thường quan tâm đến việc lập hóa đơn đúng thời điểm, đúng nội dung và xử lý sai sót.

Từ 01/7/2026, doanh nghiệp cần quan tâm thêm đến mức độ rủi ro trong sử dụng hóa đơn.

Nếu thuộc nhóm rủi ro cao, doanh nghiệp có thể bị áp dụng biện pháp quản lý nghiêm hơn. Trong đó có trường hợp không được chấp nhận đăng ký hoặc phải ngừng sử dụng hóa đơn điện tử.

3.3. Tăng cường hỗ trợ với người nộp thuế có rủi ro thấp

Quản lý rủi ro không chỉ nhằm phát hiện và xử lý vi phạm.

Đối với người nộp thuế có rủi ro trung bình hoặc thấp, cơ quan thuế còn thực hiện hỗ trợ và hướng dẫn. Mục tiêu là giúp người nộp thuế phát hiện sai sót và nâng cao mức độ tuân thủ.

Điều này phù hợp với định hướng chuyển từ quản lý hành chính sang quản lý dựa trên dữ liệu và mức độ tuân thủ.

IV. Doanh nghiệp cần làm gì để hạn chế rủi ro về hóa đơn?

4.1. Kiểm tra thông tin trước khi lập hóa đơn

Doanh nghiệp nên kiểm tra thông tin khách hàng trước khi lập hóa đơn.

Các nội dung cần kiểm tra gồm tên, mã số thuế, địa chỉ và thông tin hàng hóa, dịch vụ. Việc kiểm tra trước giúp hạn chế hóa đơn sai thông tin.

Từ 01/7/2026, quy định về xử lý hóa đơn điện tử cũng có nhiều điểm mới theo Thông tư 91/2026/TT-BTC. Vì vậy, doanh nghiệp nên rà soát lại quy trình lập và xử lý hóa đơn.

4.2. Kiểm soát doanh thu và dữ liệu hóa đơn

Doanh nghiệp cần bảo đảm dữ liệu trên hóa đơn phù hợp với giao dịch thực tế.

Đặc biệt, cần kiểm tra sự thống nhất giữa:

• Hợp đồng.
• Đơn hàng.
• Phiếu xuất kho.
• Biên bản giao nhận.
• Hóa đơn điện tử.
• Chứng từ thanh toán.
• Sổ kế toán.

Nếu các dữ liệu có sự chênh lệch lớn, doanh nghiệp có thể phải giải trình khi cơ quan thuế thực hiện rà soát.

4.3. Không sử dụng hóa đơn của doanh nghiệp có rủi ro

Doanh nghiệp cũng cần kiểm tra đối tác trước khi thực hiện giao dịch.

Việc sử dụng hóa đơn của doanh nghiệp có dấu hiệu rủi ro có thể khiến giao dịch bị cơ quan thuế rà soát.

Vì vậy, doanh nghiệp nên lưu hồ sơ chứng minh giao dịch thực tế. Hồ sơ càng đầy đủ thì càng thuận lợi khi giải trình về tính hợp pháp của hóa đơn đầu vào.

V. Hóa đơn điện tử được quản lý và lưu trữ thế nào?

5.1. Hóa đơn điện tử được lưu dưới dạng thông điệp dữ liệu

Theo Nghị định 254/2026/NĐ-CP, hóa đơn điện tử và chứng từ điện tử được bảo quản, lưu trữ dưới dạng thông điệp dữ liệu.

Doanh nghiệp được lựa chọn hình thức bảo quản, lưu trữ phù hợp với hoạt động và khả năng ứng dụng công nghệ.

Tuy nhiên, dữ liệu phải đáp ứng yêu cầu về an toàn, bảo mật và toàn vẹn. Hóa đơn cũng phải được lưu trữ đầy đủ theo thời hạn pháp luật quy định.

5.2. Doanh nghiệp cần bảo đảm khả năng tra cứu

Hóa đơn điện tử phải sẵn sàng để in ra giấy hoặc tra cứu khi có yêu cầu.

Do đó, doanh nghiệp không nên chỉ lưu bản PDF của hóa đơn. Kế toán cần bảo đảm dữ liệu hóa đơn điện tử được lưu trữ đầy đủ và có thể truy xuất khi cần.

VI. Quản lý rủi ro hóa đơn có liên quan đến đăng ký sử dụng hóa đơn điện tử

6.1. Doanh nghiệp mới đăng ký sử dụng hóa đơn cần lưu ý

Quản lý rủi ro được áp dụng ngay cả trong quá trình đăng ký sử dụng hóa đơn điện tử.

Thông tư 91/2026/TT-BTC quy định tiêu chí xác định người nộp thuế có rủi ro cao trong đăng ký sử dụng hóa đơn điện tử. Đây là một trong những nội dung mới áp dụng từ 01/7/2026.

Do đó, doanh nghiệp mới thành lập cần đặc biệt chú ý đến tính chính xác của thông tin đăng ký và hồ sơ liên quan.

6.2. Rủi ro cao có thể không được chấp nhận đăng ký

Nếu kết quả phân tích cho thấy người nộp thuế có mức rủi ro cao, cơ quan thuế có thể không chấp nhận đăng ký sử dụng hóa đơn điện tử.

Quy định này được đặt trong mối liên hệ giữa Thông tư 91 về hóa đơn điện tử và Thông tư 94 về quản lý tuân thủ, quản lý rủi ro.

Vì vậy, doanh nghiệp cần chuẩn bị thông tin đầy đủ và bảo đảm hoạt động thực tế phù hợp với hồ sơ đăng ký.

VII. Ví dụ về quản lý rủi ro trong sử dụng hóa đơn

7.1. Trường hợp doanh nghiệp có rủi ro thấp

Công ty A hoạt động ổn định. Doanh nghiệp lập hóa đơn đúng quy định và dữ liệu hóa đơn phù hợp với hoạt động kinh doanh.

Qua phân tích, doanh nghiệp thuộc nhóm rủi ro thấp.

Trong trường hợp này, cơ quan thuế có thể thực hiện theo hướng theo dõi, phân tích dữ liệu và lựa chọn mẫu để rà soát khi cần. Đồng thời, cơ quan thuế có thể hỗ trợ doanh nghiệp tuân thủ quy định.

7.2. Trường hợp doanh nghiệp có rủi ro cao

Công ty B có các dấu hiệu khiến cơ quan thuế đánh giá mức độ rủi ro cao trong sử dụng hóa đơn.

Sau khi phân tích dữ liệu, cơ quan thuế xác định doanh nghiệp thuộc nhóm rủi ro cao.

Khi đó, cơ quan thuế có thể áp dụng các biện pháp quản lý phù hợp. Trong đó có việc không chấp nhận đăng ký sử dụng hóa đơn điện tử hoặc ngừng sử dụng hóa đơn điện tử theo quy định.

VIII. Kế toán cần lưu ý gì từ 1/7/2026?

8.1. Không nên chỉ kiểm tra hóa đơn đầu ra

Quản lý rủi ro hiện nay không chỉ tập trung vào một hóa đơn riêng lẻ.

Dữ liệu hóa đơn được phân tích cùng nhiều thông tin khác. Vì vậy, doanh nghiệp cần xây dựng quy trình kiểm soát hóa đơn từ đầu đến cuối.

Kế toán nên kiểm tra cả giao dịch, chứng từ, thanh toán và dữ liệu kế toán.

8.2. Chủ động rà soát sai sót

Doanh nghiệp nên thường xuyên kiểm tra dữ liệu hóa đơn. Nếu phát hiện sai sót, cần xử lý theo đúng quy định.

Việc chủ động rà soát giúp doanh nghiệp hạn chế rủi ro và tránh để sai sót kéo dài.

Đặc biệt, doanh nghiệp nên chú ý các trường hợp có số lượng hóa đơn lớn, doanh thu biến động bất thường hoặc dữ liệu hóa đơn không phù hợp với chứng từ kế toán.

8.3. Cập nhật quy định mới về hóa đơn, chứng từ

Từ 01/7/2026, hệ thống quy định về hóa đơn, chứng từ đã có nhiều thay đổi. Nghị định 254/2026/NĐ-CP và Thông tư 91/2026/TT-BTC là các văn bản quan trọng. Trong khi đó, Thông tư 94/2026/TT-BTC quy định về quản lý tuân thủ và quản lý rủi ro.

Kế toán cần cập nhật đồng thời các quy định này. Không nên chỉ áp dụng riêng quy định về lập hóa đơn mà bỏ qua yêu cầu về quản lý rủi ro.

IX. Kết luận

Quản lý rủi ro trong quản lý hóa đơn, chứng từ từ 1/7/2026 được thực hiện theo hướng dựa trên dữ liệu và mức độ rủi ro của từng người nộp thuế.

Theo Điều 20 Thông tư 94/2026/TT-BTC, người nộp thuế có rủi ro cao có thể bị áp dụng các biện pháp như không chấp nhận đăng ký sử dụng hóa đơn điện tử hoặc ngừng sử dụng hóa đơn điện tử. Với nhóm rủi ro trung bình và thấp, cơ quan thuế chủ yếu thực hiện rà soát, theo dõi, phân tích dữ liệu và hỗ trợ tuân thủ.

Doanh nghiệp vì vậy cần chủ động kiểm soát dữ liệu hóa đơn. Việc lập hóa đơn đúng quy định, lưu trữ đầy đủ chứng từ và bảo đảm giao dịch có thật sẽ giúp giảm rủi ro khi cơ quan thuế phân tích dữ liệu.