Quyết định 1161/QĐ-CT ngày 14/8/2026 về Quy trình kiểm tra thuế

Ngày 14/8/2026, Cục Thuế ban hành Quyết định 1161/QĐ-CT về việc ban hành Quy trình kiểm tra thuế. Quyết định có hiệu lực ngay từ ngày 14/8/2026 và thay thế Quyết định 970/QĐ-TCT ngày 14/7/2023, trừ trường hợp chuyển tiếp được quy định riêng.

Quy trình mới được xây dựng trên cơ sở Luật Quản lý thuế số 108/2025/QH15, tăng cường quản lý thuế theo rủi ro, ứng dụng công nghệ thông tin và kiểm tra trên dữ liệu điện tử. Doanh nghiệp cần nắm rõ những thay đổi này để chủ động rà soát hồ sơ, hạn chế rủi ro khi cơ quan thuế kiểm tra.

I. Quyết định 1161/QĐ-CT quy định nội dung gì?

1.1. Ban hành Quy trình kiểm tra thuế mới

Quyết định 1161/QĐ-CT do Cục trưởng Cục Thuế Mai Xuân Thành ký ngày 14/8/2026.

Quy trình ban hành kèm theo Quyết định hướng dẫn trình tự, thủ tục và các bước công việc mà cơ quan thuế, công chức thuế thực hiện khi kiểm tra người nộp thuế.

Mục tiêu của quy trình mới là tăng cường kiểm tra thuế dựa trên quản lý rủi ro và quản lý tuân thủ, đồng thời đẩy mạnh ứng dụng công nghệ thông tin để phát hiện, ngăn chặn và xử lý vi phạm về thuế.

1.2. Quyết định có hiệu lực từ ngày nào?

Quyết định 1161/QĐ-CT có hiệu lực từ ngày 14/8/2026.

Kể từ thời điểm này, Quyết định 970/QĐ-TCT ngày 14/7/2023 về Quy trình kiểm tra thuế hết hiệu lực, ngoại trừ trường hợp được áp dụng theo quy định chuyển tiếp.

II. Quy trình kiểm tra thuế mới được thực hiện theo nguyên tắc nào?

2.1. Tăng cường quản lý thuế theo rủi ro

Một trong những điểm đáng chú ý của Quyết định 1161/QĐ-CT là cơ quan thuế thực hiện kiểm tra dựa trên mức độ rủi ro và mức độ tuân thủ của người nộp thuế.

Điều này có nghĩa không phải mọi doanh nghiệp đều được kiểm tra theo cùng một cách.

Cơ quan thuế có thể sử dụng dữ liệu quản lý để rà soát, đánh giá và lựa chọn hồ sơ có dấu hiệu rủi ro cao để kiểm tra sâu hơn.

2.2. Tăng cường ứng dụng công nghệ thông tin

Quy trình mới ưu tiên sử dụng công nghệ thông tin trong kiểm tra thuế.

Đối với những loại hồ sơ đã có ứng dụng hỗ trợ kiểm tra, cơ quan thuế sử dụng hệ thống để:

• Rà soát hồ sơ thuế.
• Đánh giá rủi ro.
• Xác định hồ sơ có rủi ro cao.
• Yêu cầu người nộp thuế giải trình.
• Yêu cầu cung cấp thêm thông tin, tài liệu.
• Kiểm tra tính đầy đủ, chính xác của hồ sơ.
• Đánh giá mức độ tuân thủ pháp luật thuế.

Đây là lý do doanh nghiệp cần đặc biệt chú trọng tính thống nhất giữa tờ khai thuế, hóa đơn, chứng từ, sổ kế toán và báo cáo tài chính.

III. Những trường hợp kiểm tra thuế được quy định

3.1. Kiểm tra tại trụ sở cơ quan thuế

Một trường hợp quan trọng là kiểm tra hồ sơ thuế tại trụ sở cơ quan thuế.

Theo Quy trình mới, người nộp thuế có hồ sơ được phân loại rủi ro cao thuộc trường hợp kiểm tra tại cơ quan thuế có thể được đưa vào diện kiểm tra.

Trong quá trình kiểm tra, cơ quan thuế có thể yêu cầu doanh nghiệp giải trình hoặc bổ sung thông tin, tài liệu nếu hồ sơ có nội dung cần làm rõ.

3.2. Chuyển sang kiểm tra tại trụ sở người nộp thuế

Trong một số trường hợp, nếu việc kiểm tra tại cơ quan thuế cho thấy cần kiểm tra trực tiếp tại doanh nghiệp thì có thể chuyển sang kiểm tra tại trụ sở người nộp thuế theo quy định.

Điều này cho thấy việc kiểm tra không chỉ giới hạn ở việc xem xét hồ sơ mà có thể được mở rộng khi phát hiện vấn đề cần xác minh.

IV. Khi nào cơ quan thuế kiểm tra đột xuất?

4.1. Kiểm tra theo khiếu nại, tố cáo

Theo Quyết định 1161/QĐ-CT, cơ quan thuế có thể kiểm tra đột xuất tại trụ sở cơ quan thuế mà không phải lập kế hoạch trong trường hợp kiểm tra phục vụ việc giải quyết khiếu nại, tố cáo về thuế.

4.2. Kiểm tra theo chỉ đạo

Việc kiểm tra cũng có thể được thực hiện theo:

• Chỉ đạo của Thủ trưởng cơ quan thuế.
• Chỉ đạo của Thủ trưởng cơ quan thuế cấp trên.
• Yêu cầu hoặc đề nghị của cơ quan, người có thẩm quyền.

Do đó, kiểm tra thuế không chỉ phát sinh từ kế hoạch kiểm tra định kỳ.

4.3. Doanh nghiệp có rủi ro cao

Một số trường hợp người nộp thuế có rủi ro cao có thể thuộc diện kiểm tra, đặc biệt khi doanh nghiệp thực hiện các thủ tục như:

• Chia doanh nghiệp.
• Tách doanh nghiệp.
• Sáp nhập.
• Hợp nhất.
• Chuyển đổi loại hình doanh nghiệp.
• Phá sản.
• Giải thể.
• Chấm dứt hoạt động.
• Chấm dứt hiệu lực mã số thuế.
• Chuyển địa điểm kinh doanh thuế.

Đây là nhóm doanh nghiệp cần đặc biệt chú ý việc hoàn thiện hồ sơ thuế trước khi thực hiện các thủ tục thay đổi.

4.4. Kiểm tra khi có dấu hiệu vi phạm

Người nộp thuế có dấu hiệu vi phạm pháp luật về thuế cũng có thể thuộc trường hợp kiểm tra.

Ngoài ra, Quy trình còn đề cập đến việc kiểm tra hồ sơ miễn, giảm thuế của người nộp thuế có rủi ro cao và kiểm tra trước hoàn thuế.

V. Doanh nghiệp cần chuẩn bị gì khi có kiểm tra thuế?

5.1. Rà soát hồ sơ khai thuế

Doanh nghiệp nên thường xuyên đối chiếu các tờ khai thuế đã nộp.

Đặc biệt cần kiểm tra sự thống nhất giữa doanh thu trên tờ khai GTGT, doanh thu trên báo cáo tài chính, hóa đơn điện tử và sổ kế toán.

Nếu phát hiện sai sót, doanh nghiệp cần xác định nguyên nhân và xử lý theo quy định trước khi cơ quan thuế kiểm tra.

5.2. Kiểm tra hóa đơn và chứng từ

Hóa đơn điện tử là một trong những nguồn dữ liệu quan trọng phục vụ quản lý thuế.

Doanh nghiệp nên rà soát:

• Hóa đơn đầu vào.
• Hóa đơn đầu ra.
• Hóa đơn điều chỉnh.
• Hóa đơn thay thế.
• Chứng từ thanh toán.
• Chứng từ khấu trừ thuế.
• Hồ sơ chứng minh chi phí.

Các thông tin trên hóa đơn cần thống nhất với chứng từ và sổ kế toán.

5.3. Chuẩn bị hồ sơ giải trình

Khi cơ quan thuế yêu cầu giải trình, doanh nghiệp cần cung cấp thông tin đầy đủ và đúng thời hạn.

Không nên giải trình theo kiểu cung cấp thông tin rời rạc.

Đối với những khoản mục có giá trị lớn hoặc có tính chất đặc thù, doanh nghiệp nên chuẩn bị trước hợp đồng, phụ lục hợp đồng, biên bản nghiệm thu, chứng từ thanh toán và các tài liệu chứng minh liên quan.

VI. Điều khoản chuyển tiếp cần đặc biệt lưu ý

6.1. Cuộc kiểm tra có quyết định trước 01/7/2026

Đối với cuộc kiểm tra có Quyết định kiểm tra được ban hành trước ngày 01/7/2026 nhưng đến ngày Quyết định 1161/QĐ-CT có hiệu lực vẫn chưa có kết luận kiểm tra hoặc quyết định xử lý, cuộc kiểm tra tiếp tục thực hiện theo Luật Quản lý thuế số 38/2019/QH14, văn bản hướng dẫn và Quy trình ban hành kèm Quyết định 970/QĐ-TCT.

6.2. Cuộc kiểm tra được quyết định từ 01/7 đến trước 14/8/2026

Đối với cuộc kiểm tra có quyết định được ban hành từ 01/7/2026 đến trước 14/8/2026 nhưng chưa có kết luận hoặc quyết định xử lý, việc thực hiện được chuyển sang áp dụng Luật Quản lý thuế số 108/2025/QH15 và các văn bản hướng dẫn.

Từ ngày Quyết định 1161/QĐ-CT có hiệu lực, những bước công việc tiếp theo chưa thực hiện sẽ được thực hiện theo Quy trình mới.

6.3. Cuộc kiểm tra có quyết định từ 14/8/2026

Đối với các cuộc kiểm tra có Quyết định kiểm tra được ban hành kể từ ngày 14/8/2026, cơ quan thuế thực hiện theo Quy trình ban hành kèm Quyết định 1161/QĐ-CT.

VII. Quyết định 1161/QĐ-CT có ý nghĩa gì với doanh nghiệp?

Quy trình mới cho thấy công tác kiểm tra thuế đang chuyển mạnh sang quản lý rủi ro, dữ liệu điện tử và đánh giá mức độ tuân thủ.

Doanh nghiệp không nên chỉ chuẩn bị hồ sơ khi nhận được quyết định kiểm tra.

Thay vào đó, cần xây dựng quy trình kiểm soát thuế thường xuyên. Những sai lệch giữa hóa đơn, tờ khai, sổ kế toán và báo cáo tài chính cần được phát hiện và xử lý sớm.

Đặc biệt, doanh nghiệp có giao dịch lớn, thường xuyên hoàn thuế, phát sinh giao dịch liên kết hoặc đang thực hiện giải thể, chuyển đổi loại hình nên chủ động rà soát hồ sơ thuế.

VIII. Kết luận

Quyết định 1161/QĐ-CT ngày 14/8/2026 là văn bản quan trọng trong việc triển khai Quy trình kiểm tra thuế theo quy định mới của Luật Quản lý thuế 2025.

Quy trình mới tập trung vào quản lý rủi ro, quản lý tuân thủ và ứng dụng công nghệ thông tin. Cơ quan thuế có thể sử dụng dữ liệu điện tử để rà soát hồ sơ, đánh giá rủi ro và yêu cầu người nộp thuế giải trình, bổ sung tài liệu.

Đáng chú ý, từ ngày 14/8/2026, Quyết định 970/QĐ-TCT năm 2023 hết hiệu lực, trừ các trường hợp thuộc điều khoản chuyển tiếp. Những cuộc kiểm tra có quyết định từ ngày 14/8/2026 được thực hiện theo Quy trình mới.

Với doanh nghiệp, cách tốt nhất để hạn chế rủi ro không phải là chờ đến khi có quyết định kiểm tra mới chuẩn bị hồ sơ. Doanh nghiệp nên thường xuyên đối chiếu hóa đơn, chứng từ, sổ kế toán, tờ khai thuế và báo cáo tài chính, đồng thời lưu trữ đầy đủ hồ sơ giải trình cho các khoản doanh thu, chi phí và giao dịch có rủi ro cao.