Doanh nghiệp mới thành lập cần thực hiện những thủ tục thuế nào?

I. Doanh nghiệp mới thành lập có phải đăng ký thuế riêng không?

1.1. Đăng ký thuế được thực hiện cùng đăng ký doanh nghiệp

Đối với doanh nghiệp thành lập thông qua cơ quan đăng ký kinh doanh, hồ sơ đăng ký doanh nghiệp được truyền sang cơ quan thuế để thực hiện đăng ký thuế.

Theo Thông tư 90/2026/TT-BTC, doanh nghiệp không phải thực hiện một thủ tục đăng ký mã số thuế riêng theo cách trước đây. Cơ quan đăng ký kinh doanh truyền thông tin sang hệ thống đăng ký thuế và hệ thống thuế tự động kiểm tra điều kiện cấp mã số thuế.

Vì vậy, sau khi được cấp Giấy chứng nhận đăng ký doanh nghiệp, doanh nghiệp cần kiểm tra:

• Mã số doanh nghiệp.
• Thông tin đăng ký thuế.
• Địa chỉ trụ sở.
• Người đại diện theo pháp luật.
• Ngành nghề kinh doanh.
• Thông tin liên hệ.

Nếu thông tin chưa chính xác, doanh nghiệp cần thực hiện thủ tục thay đổi theo quy định.

II. Đăng ký tài khoản giao dịch thuế điện tử

2.1. Doanh nghiệp cần thiết lập giao dịch thuế điện tử

Sau khi thành lập, doanh nghiệp nên hoàn thiện việc sử dụng hệ thống thuế điện tử để thực hiện các thủ tục với cơ quan thuế.

Thông qua hệ thống điện tử, doanh nghiệp có thể thực hiện các công việc như:

• Nộp tờ khai thuế.
• Nộp tiền thuế.
• Tra cứu nghĩa vụ thuế.
• Nhận thông báo của cơ quan thuế.
• Đăng ký và sử dụng hóa đơn điện tử.
• Theo dõi hồ sơ thuế.

Việc quản lý thuế năm 2026 được thực hiện trên nền tảng điện tử với nhiều quy trình được tự động hóa hơn.

2.2. Chữ ký số

Doanh nghiệp cũng cần chuẩn bị chữ ký số để thực hiện các giao dịch điện tử với cơ quan thuế và ký các hồ sơ điện tử theo quy định.

Kế toán nên kiểm tra ngay:

Chữ ký số → thời hạn chứng thư số → tài khoản giao dịch thuế điện tử → email nhận thông báo.

Đây là những thông tin cần thiết trước khi doanh nghiệp bắt đầu kê khai thuế.

III. Đăng ký sử dụng hóa đơn điện tử

3.1. Đây là thủ tục quan trọng đối với doanh nghiệp mới

Từ 01/7/2026, việc đăng ký và sử dụng hóa đơn điện tử thực hiện theo Nghị định 254/2026/NĐ-CP và Thông tư 91/2026/TT-BTC.

Doanh nghiệp thuộc đối tượng sử dụng hóa đơn điện tử cần đăng ký trước khi thực hiện việc lập hóa đơn.

Thông thường, doanh nghiệp cần chuẩn bị:

• Thông tin đăng ký doanh nghiệp.
• Thông tin người đại diện.
• Chữ ký số.
• Phần mềm hoặc tổ chức cung cấp giải pháp hóa đơn điện tử phù hợp.
• Thông tin đăng ký sử dụng hóa đơn điện tử.

3.2. Cơ quan thuế kiểm tra thông tin đăng ký

Theo Thông tư 91/2026/TT-BTC, hệ thống quản lý thuế thực hiện đối chiếu thông tin đăng ký hóa đơn điện tử.

Nếu thông tin phù hợp và doanh nghiệp không thuộc trường hợp cần giải trình, cơ quan thuế thực hiện chấp nhận đăng ký theo quy định. Trường hợp có dấu hiệu rủi ro hoặc thông tin cần xác minh, doanh nghiệp có thể được yêu cầu giải trình, bổ sung thông tin hoặc tài liệu.

Do đó, doanh nghiệp mới thành lập cần đặc biệt chú ý tính thống nhất giữa:

Đăng ký doanh nghiệp ↔ đăng ký thuế ↔ đăng ký hóa đơn điện tử.

IV. Xác định phương pháp và nghĩa vụ kê khai thuế GTGT

Sau khi thành lập, doanh nghiệp cần xác định hoạt động kinh doanh của mình thuộc trường hợp nào để thực hiện kê khai thuế GTGT phù hợp.

Kế toán cần rà soát:

• Doanh nghiệp có phát sinh hoạt động chịu thuế GTGT không?
• Hàng hóa, dịch vụ cung cấp thuộc mức thuế suất nào?
• Có hoạt động xuất khẩu không?
• Có hàng hóa, dịch vụ không chịu thuế không?
• Có phát sinh thuế GTGT đầu vào được khấu trừ không?

Doanh nghiệp cần lập và nộp tờ khai theo kỳ kê khai được áp dụng.

Không nên hiểu rằng doanh nghiệp mới thành lập chưa có doanh thu thì không cần quan tâm đến khai thuế. Nghĩa vụ kê khai phải được xác định căn cứ vào chế độ và trường hợp cụ thể của doanh nghiệp.

V. Kê khai thuế TNCN nếu có người lao động

Nếu doanh nghiệp bắt đầu sử dụng lao động và phát sinh việc trả tiền lương, tiền công, doanh nghiệp cần thực hiện các nghĩa vụ liên quan đến thuế TNCN.

Kế toán cần theo dõi:

• Hợp đồng lao động.
• Tiền lương, tiền công.
• Các khoản phụ cấp, trợ cấp.
• Khoản thu nhập chịu thuế.
• Giảm trừ gia cảnh.
• Người phụ thuộc.
• Thuế TNCN phải khấu trừ.
• Hồ sơ quyết toán thuế cuối năm.

Đặc biệt, từ năm 2026, quy định về thuế TNCN và khấu trừ thuế có nhiều thay đổi. Doanh nghiệp cần xác định đúng đối tượng và phương pháp khấu trừ trước khi trả thu nhập.

VI. Thực hiện nghĩa vụ về bảo hiểm khi có người lao động

Đây không phải là thủ tục thuế trực tiếp nhưng là công việc doanh nghiệp mới thành lập cần thực hiện song song.

Khi có người lao động thuộc diện tham gia bảo hiểm bắt buộc, doanh nghiệp cần thực hiện thủ tục đăng ký và đóng:

• BHXH.
• BHYT.
• BHTN.

Kế toán cũng cần đối chiếu tiền lương làm căn cứ đóng bảo hiểm với tiền lương dùng để tính thuế TNCN.

Hai khoản này không phải lúc nào cũng có cùng căn cứ tính.

VII. Kê khai và nộp các loại thuế phát sinh

Doanh nghiệp mới thành lập cần xác định mình có phát sinh những nghĩa vụ thuế nào.

Có thể bao gồm:

7.1. Thuế GTGT

Phát sinh khi doanh nghiệp có hoạt động thuộc đối tượng chịu thuế GTGT.

7.2. Thuế TNCN

Phát sinh khi doanh nghiệp trả thu nhập thuộc diện phải khấu trừ thuế cho cá nhân.

7.3. Thuế TNDN

Doanh nghiệp cần theo dõi doanh thu, chi phí và thu nhập để thực hiện nghĩa vụ thuế TNDN theo quy định.

7.4. Thuế nhà thầu

Có thể phát sinh nếu doanh nghiệp ký hợp đồng với tổ chức, cá nhân nước ngoài thuộc trường hợp chịu thuế nhà thầu.

7.5. Các loại thuế khác

Tùy ngành nghề, doanh nghiệp có thể phát sinh thêm:

• Thuế tiêu thụ đặc biệt.
• Thuế tài nguyên.
• Thuế bảo vệ môi trường.
• Các khoản phí, lệ phí và nghĩa vụ tài chính khác.

Do đó, không có một danh sách thuế giống nhau cho mọi doanh nghiệp mới thành lập. Cần căn cứ ngành nghề và giao dịch thực tế.

VIII. Doanh nghiệp mới thành lập có phải nộp lệ phí môn bài không?

Đây là nội dung doanh nghiệp cần đặc biệt cập nhật khi lập kế hoạch nghĩa vụ thuế năm 2026.

Doanh nghiệp không nên áp dụng máy móc quy định cũ về lệ phí môn bài mà cần kiểm tra chính sách đang có hiệu lực tại thời điểm phát sinh nghĩa vụ.

Kế toán cũng cần phân biệt:

Thuế, phí và lệ phí là các khoản nghĩa vụ khác nhau, không nên gộp chung khi lập checklist công việc thuế.

IX. Lập hồ sơ khai thuế ban đầu và theo dõi kỳ khai

9.1. Xác định kỳ khai thuế

Doanh nghiệp cần xác định mình thuộc trường hợp khai:

• Theo tháng.
• Theo quý.
• Theo từng lần phát sinh.
• Hoặc hình thức khác theo từng sắc thuế.

Không phải tất cả loại thuế đều có cùng kỳ khai.

9.2. Lập lịch thuế ngay từ khi bắt đầu hoạt động

Kế toán nên lập một bảng theo dõi riêng:

Việc lập lịch ngay từ đầu giúp hạn chế tình trạng đến hạn mới kiểm tra doanh nghiệp còn thiếu tờ khai nào.

X. Hồ sơ, chứng từ kế toán cần chuẩn bị

Song song với thủ tục thuế, doanh nghiệp mới thành lập cần xây dựng hệ thống chứng từ ngay từ những giao dịch đầu tiên.

10.1. Hồ sơ mua vào

Cần lưu:

• Hóa đơn điện tử.
• Hợp đồng.
• Biên bản giao nhận.
• Phiếu nhập kho.
• Chứng từ thanh toán.
• Hồ sơ liên quan khác.

10.2. Hồ sơ bán ra

Cần lưu:

• Hợp đồng.
• Đơn đặt hàng.
• Biên bản giao nhận hoặc nghiệm thu.
• Hóa đơn điện tử.
• Chứng từ thanh toán.

10.3. Chứng từ thanh toán

Đặc biệt với các khoản chi có giá trị lớn, kế toán cần kiểm tra điều kiện thanh toán không dùng tiền mặt để bảo đảm việc khấu trừ thuế GTGT và tính chi phí được trừ khi tính thuế TNDN nếu đáp ứng các điều kiện tương ứng.

XI. Doanh nghiệp mới thành lập nên thực hiện theo thứ tự nào?

Có thể thực hiện theo 8 bước:

Bước 1: Nhận Giấy chứng nhận đăng ký doanh nghiệp.

Bước 2: Kiểm tra thông tin đăng ký thuế và mã số doanh nghiệp.

Bước 3: Thiết lập tài khoản giao dịch thuế điện tử và chữ ký số.

Bước 4: Đăng ký sử dụng hóa đơn điện tử.

Bước 5: Xác định các sắc thuế và kỳ khai thuế áp dụng.

Bước 6: Thiết lập hệ thống kế toán, chứng từ và tài khoản ngân hàng.

Bước 7: Đăng ký, kê khai các nghĩa vụ liên quan đến người lao động nếu có.

Bước 8: Lập lịch theo dõi tờ khai, tiền thuế và quyết toán.

Đây là cách làm thực tế giúp doanh nghiệp không bỏ sót các công việc quan trọng trong những tháng đầu hoạt động.

XII. Những lỗi doanh nghiệp mới thành lập thường gặp

12.1. Có mã số doanh nghiệp nhưng chưa kiểm tra hệ thống thuế

Doanh nghiệp cho rằng nhận giấy phép là hoàn tất toàn bộ thủ tục.

Thực tế, cần kiểm tra thông tin trên hệ thống thuế và hoàn thiện các bước tiếp theo.

12.2. Bán hàng trước khi đăng ký hóa đơn điện tử

Đây là lỗi có thể dẫn đến rủi ro về hóa đơn.

Doanh nghiệp cần hoàn tất việc đăng ký sử dụng hóa đơn điện tử trước khi lập hóa đơn theo quy định.

12.3. Không lập lịch khai thuế

Doanh nghiệp chưa phát sinh doanh thu vẫn cần xác định mình có nghĩa vụ khai gì.

Không nên đợi đến khi có doanh thu mới bắt đầu tìm hiểu.

12.4. Không lưu chứng từ ngay từ đầu

Những khoản chi phát sinh trong giai đoạn đầu như thuê văn phòng, mua thiết bị, phần mềm, dịch vụ… đều cần được kiểm tra chứng từ.

Nếu để đến cuối năm mới tập hợp, việc bổ sung hồ sơ sẽ khó khăn hơn.

XIII. Kết luận

Doanh nghiệp mới thành lập năm 2026 cần đặc biệt chú ý đăng ký thuế, giao dịch thuế điện tử, hóa đơn điện tử, kê khai GTGT, TNCN, TNDN và các nghĩa vụ thuế phát sinh theo ngành nghề.

Đáng chú ý, từ 01/7/2026, quy định về đăng ký thuế và hóa đơn điện tử đã có nhiều thay đổi. Thông tư 90/2026/TT-BTC quy định việc đăng ký thuế của doanh nghiệp thông qua cơ quan đăng ký kinh doanh, trong khi Thông tư 91/2026/TT-BTC hướng dẫn đăng ký và sử dụng hóa đơn điện tử theo quy định mới.

Doanh nghiệp nên thực hiện theo trình tự:

Thành lập → kiểm tra đăng ký thuế → giao dịch thuế điện tử → đăng ký hóa đơn điện tử → xác định kỳ khai → kê khai, nộp thuế → lưu trữ chứng từ → quyết toán.